嘉靖四十一年（公元1562年），倭寇进犯福建，先后攻陷政和、宁德等地，另有部分倭寇联合其他势力进犯龙岩、莆田、松溪等地。
总督胡宗宪下令戚继光带兵进剿，戚继光进攻横屿，因该地四面都是水路且极为险隘，他命令将士们每人手持一束稻草填在壕沟里前进，大破横屿倭寇后乘势追击至福清，并端了倭寇的据点。
倭寇余党逃到兴化，戚继光继续追击，捣毁了倭寇的据点六十多个营地。
在班师回浙江途中，戚继光在福清又击败部分登入的倭寇，福建一带的倭寇几乎被歼灭殆尽。
《兴化之战》：
嘉靖四十一年（公元1562年）冬，倭寇袭击兴化。
兴化长官刘显因不敢进攻而被弹劾。嘉靖四十二年（公元1563年）二月，朝廷以谭纶为右佥都御史支援兴化。
同年三月，平海卫都指挥欧阳深中埋伏而亡，平海卫被倭寇趁机占领。
四月，戚继光率兵支援，谭纶以戚继光为先锋，以刘显为左军，俞大猷为右军，围攻平海卫，最终一举攻破，成功光复兴化。
戚继光因功被升为都督同知，世代承袭千户职位，代替俞大猷成为福建总兵。
《仙游之战》：
嘉靖四十三年（公元1564年）二月，倭寇纠合一万多人围攻仙游。
戚继光率兵前往救援，倭寇失败逃走，戚继光继续追击，至王仓坪，倭寇的几千名残余势力逃走并占据漳浦的蔡丕岭。
戚继光分五哨将士，攀岩而上与倭寇短兵相接，连俘带杀一百多人。剩下的倭寇劫掠渔船逃到海上，而后侵扰福宁。
戚继光率领李超等前往将其击败，又乘胜追至永宁，杀死三百多人。
《潮州之战》：
嘉靖四十三年夏，潮州倭寇聚众二万与海盗吴平互为犄角之势，劫掠潮州。
俞大猷率兵杀败倭寇，并将吴平招降，让其驻扎在梅岭。
但不久之后吴平纠合被明军击败的流散倭寇一万多人，伙同他人先后在走马溪、泊浦澳登陆，洗劫南村堡和港口村。
戚继光即刻率军前来围剿，吴平得知后放弃之前据守的梅岭，集合一百多艘大船，逃入南澳并修筑大寨防御。
《北御鞑靼》：