果不其然，数天之后，朝廷方面的旨意传来，令其立刻将一万新军由江苏开往南京，将其指挥权移交给御林军总管刘坤一。
京城的防守力量得到了加强，朝野之心稍有安定。而远道而来的苗霖沛，虽然是来势汹汹，但毕竟是孤军深入到了大明的腹地，粮草补给跟不上，在这初春之季又无粮可抢，于是在攻到距长江尚有二十多里的之地，便被由湖北、江西赶来的西军、北军两万人马挡住了去路。
在强弩之末的局面下，苗霖沛勉强发动了几次进攻，但均为明军击退，而此时明军追击之军也正从四面八方而来，随时有可能切断其回庐州的去路，此时孤注一掷的苗霖沛陷入了越来越来利的境地。
曾纪泽敏锐的注意到了这一点，于是采取了围魏救越的策略，大军暂于半路改道，直取庐州府。
三日之后，这座兵力空虚的北重镇被破，曾纪泽随即举后南下，会合西北各军，近八万之众，将苗霖沛包困在了长江以北的狭窄区域。
在经过十余天的围困之后，粮草弹药耗尽的苗霖沛，不得不选择了无条件投降。到此为止，关内最后一股割据势力亦被大明歼灭。
而新疆、西藏等地的少数民族统治的地区，在清军溃散之后，也纷纷宣布愿意臣服于大明的统治之下。除关外满洲、外蒙古，以及孤悬海外的台湾左氏之外，中国基本上恢复了统一。