畜牧养殖在顺利起步后，很快就遭遇了重重困难。尽管鸡和兔的养殖已经初见成效，但随着养殖规模的扩大，一系列新的问题如同隐藏在暗处的礁石，逐渐浮出水面。
饲料短缺成为了最为紧迫的问题。随着鸡和兔数量的增多，原本勉强够用的饲料供应变得捉襟见肘。小苏皱着眉头，看着养殖场里的动物，对李阳说：“我们现在的饲料来源主要是基地里的一些剩余粮食和在废墟中采集的野菜谷物，但这些已经远远不够了。”
李阳深知问题的严重性，他组织了更多的人员到基地周边去寻找可作为饲料的资源。搜寻队每天早出晚归，然而收获却越来越少。周边地区能找到的野菜和谷物几乎被搜刮一空，而那些废弃建筑里储存的粮食也所剩无几。
“我们不能只依赖这些传统的饲料来源。” 李阳思考着说，“有没有可能开发一些新的饲料资源呢？”
小苏点头道：“有一种办法是利用一些植物的根茎叶，经过加工处理后也能成为饲料。还有就是我们可以尝试培养一些藻类，藻类富含营养，繁殖速度快，是很有潜力的饲料来源。”
于是，一部分人开始学习如何识别和采集适合做饲料的植物根茎叶，另一部分人则在基地里寻找合适的容器和水源来培养藻类。但这些都不是一蹴而就的事情，在新的饲料资源还未稳定供应之前，养殖场面临着食物不足的危机，鸡和兔开始变得消瘦，产蛋量也有所下降。
疾病防治也是一个棘手的难题。尽管小苏已经尽了最大的努力来维持养殖场的卫生和动物的健康，但在末世的环境下，病菌似乎更加肆虐。
一天，几只鸡突然毫无征兆地死去。小苏急忙对死去的鸡进行解剖检查，发现它们感染了一种从未见过的病菌。这种病菌传播速度极快，在鸡群中迅速蔓延开来。
小苏一边紧张地研究应对方法，一边对李阳说：“这种病菌可能是由于末世环境的变异产生的，我们现有的药品和防疫手段可能无法有效应对。”