在风暴过后的平静中，星际联盟开始对“黑暗联盟”的残余势力进行持续追踪。他们深知，只要这些残余力量存在一天，宇宙的和平就依然面临威胁。
特工小队再次被委以重任，他们穿梭在各个星系之间，不放过任何一丝与“黑暗联盟”有关的线索。在一次看似普通的调查中，特工们发现了一个废弃的空间站，里面残留着一些神秘的能量波动和加密的数据。
经过一番艰难的破解，他们发现这是“黑暗联盟”的一个秘密研究基地的线索。这个基地似乎在进行着某种禁忌的实验，其目的不明，但从残留的信息来看，其后果可能不堪设想。
星际联盟迅速集结力量，朝着线索所指的方向进发。当他们抵达目的地时，却发现这个基地被重重的防御系统所保护，而且周围还隐藏着各种陷阱。
一场激烈的攻坚战打响了。联盟的战士们与基地的防御力量展开了殊死搏斗。激光炮的光芒交错，战舰的残骸在太空中漂浮。经过数小时的激战，联盟终于突破了防线，进入了基地内部。
然而，基地内部的景象让他们感到震惊。无数的实验舱中，关押着各种奇异的生物，它们似乎正在遭受着非人道的改造和实验。在基地的核心区域，一个巨大的能量反应堆正在不稳定地运转，随时都有爆炸的危险。
联盟的科学家们立刻投入工作，试图稳定反应堆并解救那些被关押的生物。就在这时，“黑暗联盟”的残余势力突然出现，他们启动了基地的自毁程序，企图与星际联盟同归于尽。
关键时刻，特工小队的队长发现了自毁程序的控制中枢，经过一番惊险的操作，终于在最后一刻停止了自毁程序。但“黑暗联盟”的残余势力趁乱逃离，带走了部分重要的研究资料。
星际联盟在这次行动中虽然取得了一定的成果，但也意识到“黑暗联盟”的阴谋远比他们想象的更加复杂和危险。那些被解救的生物为联盟提供了一些关键的情报，原来“黑暗联盟”一直在试图利用这些生物的特殊基因来制造一种超级武器，这种武器一旦研发成功，将能够瞬间摧毁整个星际联盟。
为了阻止“黑暗联盟”的阴谋，星际联盟加快了对他们的追捕。在一次激烈的追逐战中，联盟的舰队意外地发现了一个隐藏在小行星带中的秘密通道。经过一番探索，他们发现这个通道通向一个未知的星系，这个星系中存在着一个古老而强大的文明。
这个文明曾经拥有着高度发达的科技，但由于内部的战争和资源的枯竭，已经走向衰落。“黑暗联盟”的残余势力正是企图与这个文明合作，获取他们的科技遗产来重振旗鼓。
星际联盟决定与这个古老文明接触，寻求他们的帮助。在交流中，联盟了解到这个文明曾经也遭受过类似“黑暗联盟”的邪恶组织的威胁，因此他们对联盟的遭遇表示同情，并愿意提供一些技术支持。
在古老文明的帮助下，星际联盟对“黑暗联盟”的藏身之处进行了精确的定位。一场决定性的战役即将展开。