幽暗兽的意识海之中，曾经诞生的过往开始浮现。
那是来自「过去」的记忆。
……
很久以前，在智天使城之中。
基路比兽见到手中四个斗士精神重新诞生了自我意识，却唯独暗系斗士精神没有。
“可恶！为什么？”
“到底为什么唯独「暗系斗士精神」，就是迟迟无法被转化成为黑暗斗士？”
基路比兽百思不得其解。
最终，他在沉思良久，决定进行干涉，人为制造最后的「暗系斗士」。
那时候，基路比兽不止一次的寻找来灵魂和数码兽做实验。
可无一例外，全部都失败了。
那些死去的失败者的怨念还反过来污染了暗系斗士之魂，让其变成了如今的模样。
这种情况，一直持续到座天使兽向人类世界发送求救信息，召集被选召的孩子们。
至于当时停下来的真正原因，当然是基路比兽已经成功。
“哈哈哈，真是天助我也。”
“让我看一看这到底是谁？哦，原来是人类的孩子啊。”
木村辉一，他是新生「光系斗士」源辉二的亲哥哥。
同时也是新生的「暗系斗士」。
……
木村辉一生于离异家庭。
父亲在他很小的时候就离开了他们母子，带着还在襁褓之中的辉二组建了新家庭。
虽然是一母同胞的亲兄弟，但命运却是天差地别。
木村辉一，他仅仅只是希望劳累的母亲可以身体安康，生活可以好起来这一个念想。
而源辉二，他则是近乎拥有一切。
拥有父亲的关爱，不用为每日的生活发愁，拥有继母的关爱，不用担心被刁难。
每月都会拥有相当数额的零花钱。
虽然因为性格外冷内热不善于表达，但也在来到数码世界之后遇到了可靠的同伴。
与之相对比的是。
对方根本连自己的亲生母亲还活着，自己还有个哥哥这种事情，都不知道。
暂时不说源辉二，最悲惨的还是木村辉一。
一开始，木村辉一的奶奶临终前告知对方还有一个弟弟。
因为想知道自己的弟弟到底是什么样的人，而跟随源辉二来到涉谷电车站。
但却因为体力不支，从高空楼梯之中坠落，身躯陷入了濒死。
就在他的灵魂离开身体时，却意外跟随着座天使兽的信息牵引。
来到了截然不同的异世界，也即是「数码世界」。
不过和神原拓也他们不同。
木村辉一是以灵魂的方式来到数码世界，还恰巧碰到了基路比兽。