皇帝的继承在1558年时被法兰克福集会的选侯们认可，1559年时被教皇认可。
皇帝的退位还标志着斐迪南在奥地利领土上的法律和实质统治的开始，自1521-1522年起他便以查理的名义治理这些领土，并自1526年起附属于匈牙利和波希米亚。
据学者分析，查理决定退位的原因多种多样：
1555年确认的德国宗教分裂；
西班牙财政状况的恶化，在他统治结束时已经因通货膨胀而破产；
意大利战争的复苏，法国国王亨利二世的攻击；
奥斯曼帝国在地中海和中欧的不断进逼；
以及他健康状况的恶化，尤其是痛风的发作，比如迫使他推迟重新夺回梅斯城的企图，而他最终在该地战败。
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查理之死。
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1556年9月，查理离开低地国家，和他的姐妹玛丽·匈牙利和埃莉诺·奥地利一起乘船前往西班牙。
他于1557年抵达极端地区的尤斯特修道院。
他继续广泛通信，并对帝国的局势保持关注，同时饱受严重的痛风折磨。
他独自生活在一个隐蔽的修道院里，四周环绕着提香的画作，墙上挂满了钟表，许多历史学家认为这些钟表象征着他的统治和他缺乏时间。
1558年8月，查理病重，后来在21世纪被揭示为患上了疟疾。
他于1558年9月21日凌晨去世，享年58岁，手中握着他妻子伊莎贝拉去世时所握的十字架。
查理去世后，他的帝国内举行了大量的纪念活动，包括在墨西哥和秘鲁。
为皇帝的灵魂安排了大约30,000场弥撒，并分发了他为赎回囚犯、贫穷处女和乞丐而准备的30,000个杜卡特金币。
但他因长期战争而欠下巨额债务，远远超出手头资金，他的继承者们花了几十年才偿还完毕。
查理最初被安葬在尤斯特修道院的礼拜堂，但他在遗嘱中附加了一份遗嘱附录，请求建立一个新的宗教基金会，他将与伊莎贝拉一起重新安葬。
1559年他回到西班牙后，他们的儿子菲利普承担起了实现父亲愿望的任务，创立了圣洛伦索·埃尔埃斯科里亚尔修道院。