根据穆罕默德·伊德里西（Muhammad al-Idrisi）的记载，该港口在11世纪是地中海商船与来自撒哈拉沙漠的商队之间的市场。
基督教商人在贝贾亚建立了“方杜克”（funduqs）或客栈。
意大利城市比萨（Pisa）与贝贾亚关系密切，并在非洲大陆上设立了两个永久领事馆之一。
一位比萨商人的儿子（很可能是领事），后世称为斐波那契（Fibonacci）（约1170年—约1250年），在此学习了数学（他称其为“印度方法”）和印度-阿拉伯数字。
他将现代数学引入了中世纪的欧洲。
关于斐波那契的历史背景及其与贝贾亚的紧密联系的数学历史分析表明，贝贾亚的养蜂人和对蜜蜂家族世系的知识可能是斐波那契数列真正的灵感来源，而非他在着名的《算盘书》（Liber Abaci）中提出的兔子繁殖模型。
1315年，拉蒙·卢尔（Ramon Llull）在贝贾亚被乱石砸死。
拉蒙·卢尔是一位哲学家、神学家、诗人、传教士、基督教护教士。
几年前，彼得·阿门戈迪乌斯（Peter Armengaudius）据称曾在此被绞死，但幸存下来。
贝贾亚在1510年被西班牙占领，并在当地的多次夺回尝试下维持了超过40年，直到1555年被奥斯曼帝国收复。
在接近三个世纪的时间里，贝贾亚都是巴巴里海盗的据点。
1833年，贝贾亚被法国占领，并成为法属阿尔及利亚的一部分。
1957 年布吉省被提升为省。
1962年阿尔及利亚独立，这个城市成为同名省贝贾亚（Béja?a）的首府。
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1510年，布吉沦陷后，阿拉伯部落塔阿里巴（Thaaliba）的萨利姆·图米（Selim-bin-Teumi）利用阿尔及尔与特莱姆森王国当局之间的矛盾，以及一些阿尔及尔居民对布吉的态度，成为了阿尔及尔的埃米尔。
可是，在1510年1月31日，佩德罗·纳瓦罗（Pedro Navarro，前文有说）就来到了阿尔及尔。