卡塔琳娜·苏亚雷斯于1522年11月1日至2日的夜晚神秘去世。
当时有指控称科尔特斯谋杀了妻子。
对此事进行了调查，采访了多位家中的居民和其他人。
调查的文件在十九世纪在墨西哥发表，这些档案文件在二十世纪被发现。
卡塔琳娜·苏亚雷斯的去世引发了一场丑闻和调查，但科尔特斯因此得以自由选择与更符合他财富和权力地位的高层人士再婚。
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从1524年到1526年，科尔特斯（Cortés）领导了一次前往洪都拉斯的探险，在那里他击败了克里斯托瓦尔·德·奥利德（Cristóbal de Olid），后者在古巴总督迭戈·贝拉斯克斯（Diego Velázquez）的影响下声称拥有洪都拉斯。
科尔特斯担心夸乌特莫克（Cuauhtémoc）可能在墨西哥发起叛乱，于是将他带到了洪都拉斯。
在一次有争议的举动中，夸乌特莫克在旅途中被处决。
因奥利德的叛变而愤怒的科尔特斯下令逮捕贝拉斯克斯，他确信贝拉斯克斯是奥利德叛变的幕后黑手。
然而，这一举动只会进一步疏远卡斯蒂利亚王室和印地安委员会（Council of Indies），这两个机构都开始对科尔特斯日益增强的权力感到不安。
科尔特斯给查理五世的第五封信试图为他的行为辩护，信的结尾对“各种强大的竞争对手和敌人”进行了尖锐的攻击，称他们“蒙蔽了陛下的眼睛”。
查理五世同时也是神圣罗马帝国皇帝，对于遥远的殖民地几乎没有时间管理（查理的大部分统治时间都用于与法国、德国的宗教改革者以及不断扩张的奥斯曼帝国的战争），除非这些殖民地有助于为他的战争提供资金。
在征服的那一年1521年，查理五世正忙于处理他在德国的事务，而乌特勒支的主教阿德里安（Bishop Adrian of Utrecht）在西班牙担任摄政。
韦拉斯凯斯和丰塞卡（Fonseca）说服摄政任命了一位专员，赋予其调查科尔特斯行为的权力，甚至可以逮捕他。
科尔特斯曾说，“和自己的同胞竞争比与阿兹特克人竞争还要困难”。
1526年，科尔特斯在库埃纳瓦卡（Cuernavaca）为自己建造了一座宏伟的住宅——科尔特斯宫，这个地区靠近首都（现代墨西哥中部偏南），他在此拥有大量的恩给制地契（enienda）地产。