当众人回到益阳县后不久，长安传来消息，王允因不满董卓欺君罔上于是设下美人计离间董卓与其义子吕布，后又使吕布击杀董卓。
当诸葛明听到此消息后知道真正的诸侯混战开始了，之前诸侯不敢太过放肆是因为还有董卓这个庞然大物在边上虎视眈眈，如今掣肘的因素消除了，他们还不为所欲为。
由此诸葛明开始颁布军令将正规军提升至1万人，其中陷阵营、翻江营，以及新成立的虎威军各3000人，亲卫军1000人，辅军人数提升至3万人。
人事方面也有调动
升黄忠为督尉，陷阵营主将，黄盖为副督尉，陷阵营副将。
升蒋钦为督尉，翻江营主将，周泰为副督尉，翻江营副将
升周瑜为督尉，虎威营主将，凌操为副督尉，虎威营副将
升典韦为督尉，亲卫营主将，凌统为副督尉，亲卫营副将
升桓阶为长史，负责长沙一应政务。
安排他们对应自己的工作去招收兵卒与人员，反正一个要求，就是等他从长安回来后一切事宜都已经完成。
当下面的人听到他们这位太守又要跑路，就接连劝谏，让他安心处理一郡事务，长安之行让桓阶代劳就行。只是诸葛明坚持要自己去，他说大乱即将开始，他必须要提前做好一切方能应对接下来的变化。说完也不给他们反驳的机会就开始准备长安所需要的一切。首先他要抽调亲卫营与他同行，所以士卒的选拔先调拨给亲卫营，另外还安排了20万石粮草，其余珍奇玩物无数。在准备2个月后，诸葛明才带着众人出发，不同的是这次肖雅没法随军出发了，因为他已经有了3个月的身孕了。
在走之前，诸葛明向肖雅保证会在她生宝宝之前回来。
一路上，诸葛明还沉浸在自己要当父亲的喜悦中，由于现在朝廷的余威犹在，所以还没有出现那种公然劫夺进贡朝廷的逆臣。
等到了长安城附近时，路边到处是死人，凌统走到诸葛明面前说这里像是经过了一场战斗，问他要不要继续向前走了。诸葛明让凌统带10个人向前侦察，而诸葛明则带着典韦他们缓步前行。就这样原本5天的路程却花费了近10天，当然情况也摸清楚了，原来是因为王允自从杀了董卓之后就自信心爆棚，以为有了吕布相助就能天下无敌，竟然不允许西凉兵投降，一气之下李榷郭汜受毒士贾诩的指点反攻长安。最终的结果就是吕布被逼走长安，王允被逼跳下城楼而死。面对李榷郭汜诸葛明却是没有多少的把握，他知道这两人和之前死的董卓一个德行，都是贪得无厌且嗜杀成性的人，他怕自己去了就如狼入虎口到后面能不能活着都是个问题，更别说回去。一时间他也踌躇不前，不知道是该进还是该退。这时凌统走到诸葛明的营中，由于心情烦躁诸葛明直接说道：“公绩不是跟你说了不要来打扰我了么！”