首先，对维度失衡和暗宇宙力量的研究需要海量的数据和强大的实验设备，而这些资源在分散于各个文明时，显得捉襟见肘。不同文明的科研标准和数据格式的差异也给信息整合带来了巨大困难。例如，一个文明的能量测量单位和另一个文明的完全不同，这使得在研究能量对维度影响的联合项目中，数据的统一和分析成为了一项艰巨的任务。
其次，自主研发缺乏像阿努纳奇那样对宇宙深层结构的全面理解。虽然各个文明在之前的发展中有一定的科技积累，但面对如此复杂的宇宙危机，这些知识远远不够。研究团队在探索过程中常常陷入理论困境，许多假设在实践中被证明是错误的，这使得他们的研究进展缓慢。
外部压力与内部动摇
自主阵营不仅面临着内部的研发困境，还承受着来自外部的压力。合作阵营在阿努纳奇的帮助下取得的一些阶段性成果，让部分自主阵营的文明开始动摇。他们担心自己的选择会使本文明在应对危机中落后，甚至被宇宙的混乱所吞噬。
这种动摇在自主阵营内部引发了一些争论。一些文明主张重新考虑与阿努纳奇合作的可能性，而另一些文明则坚持认为自主研发虽然艰难，但这是保持文明独立性和自主性的唯一途径。这些争论进一步削弱了自主阵营的凝聚力，使他们在危机面前面临着更大的挑战。
宇宙秩序的混乱与局部冲突
资源争夺的加剧
随着两个阵营在应对危机上的分歧加大，宇宙中的资源争夺愈发激烈。原本用于和平发展的星际资源开采区变成了双方争夺的焦点。一些富含特殊能源材料和稀有矿物的星球周围，时常出现双方的开采队伍对峙的情况。
在一个重要的资源星球上，合作阵营的开采舰队与自主阵营的资源采集船相遇。双方都认为自己对这些资源有合法的开采权，紧张的气氛迅速升级。虽然尚未爆发大规模的冲突，但小规模的摩擦不断，双方都有人员伤亡和设备受损的情况。这种资源争夺不仅破坏了宇宙的和平秩序，还进一步加剧了两个阵营之间的敌对情绪。
信息战与舆论风波
除了资源争夺，信息战和舆论风波也在宇宙中蔓延。两个阵营都试图通过宣传自己的观点和抹黑对方来争取更多文明的支持。合作阵营强调阿努纳奇的权威性和合作应对危机的高效性，而自主阵营则突出自主研发对文明独立性的重要意义。