博士没办法，只好登录浣熊市的天眼系统，开始在各个路口寻找起女儿的踪影。这时，他在一个路口发现了我们的女主艾丽斯，只见艾丽斯进入一家枪药店换了一身装备，突发的身体不适，让她想起保护伞公司似乎拿她的身体做了什么实验，给她注射了什么东西，聪明的观众朋友们这时一定猜到注射的就是T病毒了。当时一罐病毒试剂被摔碎，就消灭了整个蜂巢外加阿尔法小队所有人，咱们的女主为什么除了头晕眼花啥事没有，我想肯定是和她天天吃羊肉串儿，身体倍儿棒有关吧。
镜头一转，咱们的女二吉尔小姐姐闪亮登场，啥也不说，有多帅大家自己看吧，各位粉丝赶紧擦一下口水，咱们快进一下，话说城门口变异事件之后，吉尔跟几个小伙伴们且战且退，逃到了一所教堂，原本应该是安乐祥和之地的教堂此时却充斥着肃杀和危险的味道，不出意外的出现意外了，她们在这里被艾丽斯在第一部里的老相识舔食者给盯上了，就在千钧一发之际，女主骑着飞天摩托及时赶来，开着主角光环三下五除二的解决掉了这只可怜的舔食者。
在这里需要解释一下的是，电影里的女主艾丽斯是《生化危机》系列电影的专属角色，游戏里其实是没有这个角色的，而其他几个配角都是还原游戏里的角色，所以观众看到还原的如此优秀的吉尔的角色时，激动之情可想而知。
镜头再转，困在城里的保护伞公司雇佣兵小队在队长卡洛斯的带领下，也是且战且退，联系总部寻求支援后，保护伞公司通过直升机空投了两个大箱子之后便一溜烟儿飞走了，小队成员检查过箱子之后发现似乎是个重型装备箱，但此刻却空空如也，这就引出了我们第二部里的大Boss——追踪者……
这家伙是保护伞公司让T病毒进一步变异后造出来的可控人形武器，浑身铜筋铁骨，刀枪不入还是最基本的，最主要的是，箱子里的就是他的武器——魔改版火箭筒机关枪，所到之处可谓是寸草不生，无人生还！然而，恨只恨他遇到了拥有无敌外挂的女主艾丽斯一行人，虽然过程繁琐了点，最终也只能饮恨浣熊市，在这里，我解释一下，为何追踪者字最终决战时对艾丽斯会手下留情，因为在电影的设定里这个追踪者所用的实验体正是第一部中跟艾丽斯一起从蜂巢逃出来的马特，没想到彼时一别，再见面竟是这般境遇，着实令人唏嘘啊……他在最后一刻恢复了人性，所以加入了艾丽斯一方。
话分两头，博士眼看到艾丽斯这么厉害，便通过高科技联系到艾丽斯一行人，告诉他们如果能帮他找回女儿，他便给他们指一条生路，如果不同意或者找不到的话，天亮之后整个浣熊市都将被一枚战略“小男孩”夷为平地，几人无奈，只能根据博士的线索前往了车祸地点附近女儿的学校。