雅克萨之战主要分为两次战役，过程异常激烈。
第一次雅克萨之战爆发于 1685 年。清军在都统彭春、副都统郎坦等将领的率领下，兵临雅克萨城下。清军首先采用了围三缺一的战术，在雅克萨城的南、西、北三面布置重兵，而在城东留出一条通道，以诱使城中的沙俄军队出逃。同时，清军在城周围布置了大量的火炮，对雅克萨城进行猛烈轰击。战斗打响后，清军的火炮发挥了巨大威力，雅克萨城的城墙多处被轰塌，城中的沙俄军队陷入了混乱。沙俄军队在指挥官托尔布津的带领下，负隅顽抗，但在清军的强大攻势下，伤亡惨重。
在攻城过程中，清军的弓箭手也发挥了重要作用。他们站在阵前，向城中的沙俄士兵射出密集的箭雨，压制了敌人的火力。清军还组织了突击队，试图从城墙的缺口处攻入城中。这些突击队队员们奋勇当先，冒着敌人的炮火和箭矢，攀爬城墙，与沙俄士兵展开近身搏斗。经过数天的激战，雅克萨城中的沙俄军队弹尽粮绝，且疫病流行，托尔布津被迫向清军投降。清军在接受投降后，秉持着人道主义精神，允许城中的沙俄士兵携带武器和财物离开，并释放了被俘虏的沙俄士兵。之后，清军将雅克萨城拆毁，撤回瑷珲。
然而，沙俄侵略者不甘心失败，在清军撤回后不久，便又重新占据了雅克萨，并再次加固城防，妄图长期盘踞。于是，第二次雅克萨之战于 1686 年爆发。这一次，清军在黑龙江将军萨布素的指挥下，再次包围了雅克萨城。清军吸取了上次战役的经验教训，进一步加强了对雅克萨城的封锁，切断了城中与外界的一切联系。
在冬季的黑龙江流域，寒冷异常，气温常常降至零下三四十度。清军将士们面临着严峻的考验，他们不仅要抵御严寒，还要防止沙俄军队的突围。清军在城外修筑了坚固的工事，挖掘战壕，设置陷阱，以阻止敌人的进攻。同时，清军还组织了巡逻队，加强对周边地区的监视，防止沙俄的援军到来。