在寻找控制核心的过程中，他们遭遇了结构体内部的防御机制。一些由能量凝聚而成的机械傀儡向他们发动攻击，这些傀儡行动敏捷且攻击力强大。吴粒指挥小队成员采用分散包围战术，利用各自的技能和装备与傀儡展开战斗。她自己则独自冲向一个能量波动异常强烈的方向，她猜测那里可能就是控制核心的所在位置。
而在变异生物研究方面，经过无数次的试验，吴粒和科研团队终于研发出了一种有效的中和药剂。他们在一个被变异生物严重侵袭的星球上进行了大规模投放。在投放过程中，他们需要面对大量变异生物的疯狂攻击。吴粒带领着防御部队，在空中和地面与变异生物展开了一场激烈的战斗，确保药剂能够顺利投放到各个关键区域。随着药剂的生效，变异生物逐渐恢复正常，星球的生态平衡开始有了恢复的迹象。
回到宇宙和平维护组织，吴粒通过对刺客的追踪和分析，找到了间谍头目的隐藏地点。那是一个位于组织总部地下深处的秘密基地，周围布满了各种防御和警报装置。吴粒带领着最精锐的特工悄悄地潜入基地，在基地内部，他们遭遇了间谍头目设置的重重陷阱和防御力量。间谍头目是一个精通伪装和暗杀技巧的高手，他利用基地的复杂环境与吴粒等人周旋。
吴粒在基地中巧妙地避开陷阱，追踪着间谍头目的气息。在一次激烈的交锋中，间谍头目试图利用基地的自爆装置与吴粒同归于尽，但吴粒识破了他的阴谋，及时阻止了自爆，并成功地将间谍头目制服。从间谍头目口中，吴粒得知了一些关于背后势力的信息，这个势力与宇宙边缘的神秘结构体似乎有着某种联系，他们企图利用变异生物和组织内部的混乱来达到控制宇宙的目的。
在解决了间谍问题后，吴粒迅速将注意力集中到神秘结构体的控制核心上。她终于找到了核心的位置，那是一个散发着耀眼光芒的巨大球体。吴粒深知，要想阻止结构体继续释放影响宇宙的神秘能量波动，就必须控制这个核心。但控制核心周围有一层极其强大的能量护盾，护盾的能量强度是他们从未遇到过的。吴粒和小队成员一起，运用所有的力量和智慧，试图突破护盾，开启拯救宇宙的最后一步。