特别行动队成功地挫败了暗影教团的阴谋，保护了联盟的领导人。但这场战斗只是一个开始，暗影教团并没有就此罢休，他们隐藏在黑暗中，继续策划着更加可怕的阴谋。
在接下来的日子里，特别行动队对暗影教团展开了更深入的调查。他们发现，这个组织的势力范围远比想象中要广泛，渗透到了多个文明和星系之中。而且，暗影教团似乎还与一些神秘的外星势力有着千丝万缕的联系。
“这背后的水很深，我们必须小心应对。”艾伦在队里的分析会议上说道。
与此同时，宇宙联盟也加强了各个星系的安保措施，并加大了对暗影教团的打击力度。然而，暗影教团的行动变得更加隐蔽和狡猾，给调查和打击工作带来了极大的困难。
在一次秘密行动中，特别行动队的队员凯丽不幸被暗影教团俘虏。敌人试图从她口中获取特别行动队的行动计划和联盟的机密情报，但凯丽宁死不屈。
“你们别妄想从我这里得到任何东西！”凯丽坚定地说道。
特别行动队的其他成员心急如焚，他们迅速制定了营救计划。经过一番激烈的战斗，终于成功地救出了凯丽，但队员们也为此付出了不小的代价。
“无论付出多大的代价，我们都不能让暗影教团得逞。”汤姆在战后的总结会上说道。
随着调查的深入，特别行动队发现暗影教团正在研发一种能够控制生物思维的超级武器。一旦这种武器研制成功并被大规模使用，整个宇宙都将陷入巨大的危机。
“我们必须在他们完成之前阻止他们！”艾伦果断地下达了命令。
特别行动队再次踏上了充满危险的征程。他们穿越重重星系，与暗影教团的爪牙展开了一场又一场的殊死搏斗。
在一次关键的战斗中，特别行动队遭遇了暗影教团的主力部队。双方在一片荒芜的星球上展开了激烈的交火。炮火连天，硝烟弥漫。
“为了和平，为了正义！”队员们高呼着口号，奋勇杀敌。
经过艰苦卓绝的战斗，特别行动队终于击败了暗影教团的主力部队，并找到了他们的武器研发基地。在关键时刻，艾伦亲手摧毁了研发设备，阻止了超级武器的诞生。
这场胜利让宇宙联盟看到了曙光，但特别行动队明白，与暗影教团的斗争还远远没有结束。他们将继续坚守在保卫宇宙和平的第一线，直到彻底消灭这股黑暗势力。