他的总相疑惑是什么？「真」，我们现前一念真如之心，既然它的体性是清净本然周遍法界的，它怎么会有三界的杂染因果出现呢？这是阿难尊者第一个疑惑，既然是清净本然周遍法界，那么这种众生的惑业苦，这种杂染的因果，又是怎么出现的呢？
心体本真
世尊！若此妙明真净妙心，本来遍圆，如是乃至大地草木，蠕动含灵，本元真如，即是如来成佛真体。
世尊！既然这个妙，“妙”，体性不变，名之为妙；“明”，指的它作用随缘；“真”，是从来无妄，从来就没有所谓的颠倒虚妄的东西叫「真」；“净”，从来无染。这一念心性是妙明真净，而且本来是周遍圆满的，没有任何欠缺的，这是约着佛性来说。前面这一段是讲性德，这以下讲经过修练以后性德的圆满。性德跟修德结合起来的一个圆满的佛德。
也就是说，当我们经过修行以后，成就佛道以后，所谓的「一转一切转」，这时候包括整个大地草木，外在的器世间，乃至于整个有情世间，一切的蠕动含灵。这些有情无情，当一个成佛的佛陀来看，都是真如佛性全体的显现，因为它的本质就是佛陀的清净本体所显现出来的。我们常说：「有情无情，同圆种智」。当一个人成佛以后，他看到有情的蠕动含灵，无情的大地草木，通通都是万德庄严的境界。也就是说，不管是从佛性的因地来说，是「妙明真净」，从佛的果地来说，也都是「万德庄严」。因果都是清净的，而这过程怎么就会有六道产生呢？
何有诸趣
佛体真实，云何复有地狱、饿鬼、畜生、修罗、人、天等道？世尊！此道为复本来自有？为是众生妄习生起？
「佛体真实」这句话是顺着前面的文来说。佛陀因地的佛性是真实清净的，佛果上的庄严也都是庄严圆满的。但是为什么佛性到成佛的过程当中，就有这么多的地狱、饿鬼、畜生，乃至于人天六道轮回的杂染因果呢？这些杂染因果是怎么来的呢？阿难尊者他提出二个假设，说这个是在我们佛性当中本来就有的？还是众生一念的妄动，一种虚妄习气的熏习而生起的？提出两个问题。当然阿难尊者这个时候，他内心不知道哪一个是正确的，请佛陀来抉择回答。