在获取神秘宝藏的力量后，主角和守护联盟的声望在宇宙中达到了新的高峰。然而，宇宙的平静并未持续太久，一种奇异的能量波动开始在各个星系间蔓延，引发了一系列令人不安的现象。
宇宙似乎正经历着一场无形的裂变，一些星球的轨道开始出现紊乱，恒星的能量输出变得不稳定，时空结构在某些区域出现了扭曲的迹象。主角和陌生人察觉到这股能量波动背后隐藏着巨大的危机，其复杂程度远超以往。
主角紧急召集守护联盟成员，他们在基地中召开会议，商讨应对之策。“这次的情况不同寻常，我们必须尽快找出能量波动的源头和原因，否则宇宙将陷入混乱。”主角面色凝重地说道。
陌生人分析着收集到的数据，眉头紧锁。“从目前的情况来看，这股能量似乎具有某种智能，它在有目的地干扰宇宙秩序。”
在众人商讨之际，来自天使、烈阳、超神学院等势力的消息纷纷传来，他们都受到了不同程度的影响，请求守护联盟协助调查。主角意识到，这次需要整个宇宙联盟共同合作才能应对危机。
主角带领守护联盟与其他势力的代表会面，各方分享了自己所掌握的信息。经过综合分析，他们发现能量波动最强烈的区域集中在几个相邻的星系，这些星系中存在着一些古老的遗迹和神秘的物质，可能与此次危机有关。
联合调查队迅速组建，朝着目标星系进发。当他们接近这些星系时，遭遇了前所未有的困难。时空扭曲使得航行变得异常危险，一些飞船在穿越扭曲区域时险些解体。
好不容易进入星系，他们发现这里的环境已经变得极为恶劣。恒星的耀斑频繁爆发，行星表面被强大的能量风暴席卷。主角和其他成员在恶劣的环境中艰难前行，向着遗迹所在的星球靠近。
在遗迹星球上，他们发现这里的古老遗迹正散发着与波动能量相同性质的光芒。主角小心翼翼地靠近遗迹，试图解读其中的秘密。遗迹的墙壁上刻满了复杂的符文和图案，经过众人的努力解读，他们发现这些遗迹是一个早已消失的宇宙文明留下的，这个文明曾试图探索一种能够控制宇宙能量的方法，但似乎实验失控了。
“看来我们要面对的是这个古老文明实验的后遗症，它正在不断侵蚀宇宙的稳定结构。”主角说道。
然而，就在他们深入研究遗迹时，一股强大的能量冲击突然袭来，原来是遗迹中的防御机制被激活了。无数能量射线从四面八方射来，联合调查队陷入了苦战。