然而，在乡村本土文化蓬勃发展的同时，也面临着与现代文明融合过程中的文化冲突问题。传统的乡村本土文化价值观与现代城市文明的价值观念在一些方面存在差异，这给乡村本土文化的进一步发展带来了困扰。
比如，在乡村文化旅游发展的过程中，一部分游客带来的现代消费观念和生活方式对村民们原有的淳朴生活态度和传统价值观产生了冲击。一些村民为了追求短期的经济利益，过度迎合游客的需求，而忽视了本土文化内涵的坚守。
针对这个问题，联盟组织专家深入乡村进行调研，开展文化教育活动，引导村民正确认识本土文化的价值，在与现代文明交流融合的过程中保持本土文化的独立性和自主性。专家们通过举办讲座、组织村民讨论等方式，让村民们明白本土文化是乡村发展的根基，在吸引游客、发展经济的同时，不能失去本土文化的灵魂。
同时，在乡村社会治理方面，也积极探索将现代治理理念与本土文化相结合的新模式。
传统的乡村治理很大程度上依赖于宗族关系、乡规民约等本土文化因素。在现代社会，这些传统治理方式需要与现代法治观念相融合。联盟协助乡村制定了新的村规民约，一方面尊重本土文化中的优秀传统，如尊老爱幼、邻里互助等价值观；另一方面，将现代法治观念融入其中，明确村民的权利和义务，规范乡村的各种事务管理。
例如，在处理乡村环境卫生问题上，既强调村民的自觉意识，这是基于本土文化中对家园爱护的传统情感，又引入现代的环保法规，制定明确的奖惩制度，确保乡村环境得到有效保护。
在乡村教育方面，本土文化的传承与现代知识教育的融合也在不断深化。学校除了教授现代科学文化知识外，进一步加强了对本土文化的课程建设。
一些乡村学校开设了本土文化历史课，讲述村庄的起源、发展历程中的重大事件以及当地着名人物的故事；还有本土文化技艺课，邀请民间艺人到学校传授手工艺品制作、传统舞蹈表演等技艺；以及本土文化实践课，组织学生参与到乡村本土文化的保护和传承活动中，如对古建筑的测绘记录、对民俗节日的策划组织等。