当时，正是明末清初，藏区并不太平，有两股势力在暗中较量。
一股势力是藏族宗教领袖，也就是藏传佛教格鲁派；另一股势力则是世俗贵族政权，史称藏巴汗。
两派由于信仰不同，经常发生冲突——藏巴汗还曾下令杀害格鲁派的僧侣。
为了自保，五世活佛联合蒙古固始汗，消灭了藏巴汗。
没想到“救命恩人”帮忙消灭政敌后，居然驻兵不走了，这就是所谓的请神容易送神难。
格鲁派由于实力太弱，始终不能夺回大权。
此时的五世活佛年事已高。
他需要一个年轻、聪慧，且胆识过人的帮手，助他周旋于各势力之间。
这个物就是桑结嘉措。
桑结嘉措自幼便跟随五世活佛，深得五世活佛信任，再加上他善于处理宗教、政务事宜，因此在五世活佛的举荐下，桑结嘉措年纪轻轻就当上了第巴，相当于西藏地方的首席执行官。
谁知在这节骨眼儿上，恩师五世活佛圆寂了。
没有五世活佛撑腰，桑结嘉措根本没有话语权；而蒙古的新汗王正虎视眈眈地盯着布达拉宫，随时兵变。
桑结嘉措为了稳住局面，秘不发丧。
他一方面对外宣称五世活佛要闭关修行，另一方面秘密派人去野外寻找转世灵童。
桑结嘉措听说在藏南门巴地区，有一个男孩在五世圆寂时出生，于是他派出两位忠诚的僧侣，来到山南地区，秘密拜访男孩父母。
这个男孩就是仓央嘉措。
根据《持明金穗》记载，僧侣们把五世活佛的遗物，和其他几样物品放在一起，让孩子辨认。
当时年仅两岁的仓央嘉措一下子就抓出了活佛的遗物。
僧人们为了保守活佛圆寂的秘密，并没有道明来意，因此，仓央嘉措的父母并不知道自己的孩子已经成为转世灵童。
仓央嘉措出生在西藏南部一个贫苦的家庭里，本籍门巴族。
虽然被选为灵童，但仓央嘉措并没有立刻被接到拉萨，而是一直隐身乡野，继续过着贫寒的日子，放羊劳作之余，他还接受格鲁派高僧的指点，学习佛学经典以及诗歌、历法等知识。
一个人的性格，往往与他童年时期的生活环境息息相关。
为什么仓央嘉措会厌倦布达拉宫的生活而眷恋红尘，成为一个非典型活佛呢？
这就跟这十四年隐居乡野有着很大的关系。
在仓央嘉措之前，同时，在仓央嘉措之后，都有过了许多活佛，然而他们几乎都是从小就在寺庙中学习成长的，跟仓央嘉措这种野放生长的特例完全不同。”