在星耀圣泉泉水暂时缓解 “暗星渊” 危机后，宇宙联盟议会对灵珠的研究进入了白热化阶段。星穹先知、晶耀大匠以及各族智者们汇聚在议会的机密研究室中，四周布满了强大的防护魔法与能量禁制，以防止灵珠的黑暗力量泄漏或遭受外界干扰。
星穹先知将自身的星象感知力与灵珠深度连接，他的意识仿佛穿越了无尽的时空长河，回溯到上古山海时代更为久远的岁月。在那片混沌初开、山海初现的世界里，他看到了一片神秘的灵域。灵域中，光芒与暗影交织，奇异的生物在其中穿梭。这些生物并非普通的山海巨兽或仙人，而是一种介于虚实之间的灵体生命，它们是宇宙初生时的原始生灵，拥有着操控灵能的天赋。
在灵域的中心，有一棵巨大的灵树。灵树高耸入云，树干粗壮得需要数千人合抱。树上结满了各种灵果，每一颗灵果都散发着独特的光芒与气息。其中一颗最为特殊的灵果，便是灵珠的前身。这颗灵果吸收了灵域中最为纯净的灵能，以及天地初开时的混沌精华，逐渐孕育出了灵智。
然而，与此同时，在灵域的深处，一股黑暗力量也在悄然滋生。这股黑暗力量源于宇宙混沌中的负面情绪与邪恶意志，它逐渐汇聚，形成了一个黑暗的漩涡。黑暗漩涡中，诞生了一个邪恶的灵体 —— 暗影魔灵。暗影魔灵嫉妒灵果所蕴含的强大力量与光明前景，它妄图将灵果据为己有，从而掌控整个灵域乃至宇宙的命运。
于是，暗影魔灵开始对灵果发动攻击。它释放出一道道黑暗的灵能射线，试图侵蚀灵果的纯净力量。灵果周围的守护灵体们奋起抵抗，它们用自身的灵能构建起一道道护盾，与暗影魔灵展开了激烈的战斗。这场战斗持续了漫长的岁月，灵域中的空间被不断撕裂又修复，灵能的波动如同汹涌的海浪，席卷了整个灵域。
在战斗的关键时刻，一位上古灵仙降临。这位灵仙身着一袭白衣，手持一把散发着七彩光芒的灵剑。他以自身强大的灵能为引，联合灵域中的守护灵体，对暗影魔灵发动了一场围剿。灵仙的灵剑舞动，每一剑都蕴含着天地间的正道法则，能够斩断黑暗的枷锁。
经过一场惊心动魄的大战，暗影魔灵被暂时封印在了灵域的黑暗深渊之中。而那颗灵果，在经历了这场磨难后，虽然保住了自身的力量，但也被暗影魔灵的黑暗气息所沾染。为了防止黑暗力量的扩散，灵仙决定将灵果转化为灵珠，并施加了多重封印。灵珠被放置在灵域的一处神秘禁地，由强大的守护阵法保护着。
随着时间的推移，宇宙逐渐发展，山海时代走向繁荣。但在一次天地浩劫中，灵域的封印被意外打破，灵珠在混乱中流落宇宙。它所蕴含的黑暗力量在宇宙中逐渐扩散，引发了一系列的灾难与危机。而如今，灵珠再次现世，其黑暗力量被有心之人或势力所利用，从而引发了这场星界危机。