探险队的英勇事迹在联盟内传颂，激励着每一位成员。然而，宇宙的平静只是暂时的，新的危机如同暗流般在暗处涌动。
在探险队继续探索的过程中，他们发现了一系列奇怪的现象。在某个星系边缘，时空似乎出现了扭曲，周围的星辰闪烁着诡异的光芒。探险队靠近观察，发现这种扭曲并非自然现象，而是一种人为设置的能量场。经过分析，这很可能是敌人余党或者其他未知势力的杰作，目的是隐藏某些不可告人的秘密。
与此同时，联盟总部在研究从敌人据点获取的黑暗能量信息时遇到了难题。这种黑暗能量与宇宙中已知的能量形式完全不同，它具有极强的腐蚀性，对现有的研究设备造成了严重破坏。科学家们不得不重新设计研究方案，寻找能够抵抗黑暗能量侵蚀的材料和方法。神秘学专家则在古老文献中继续挖掘线索，他们发现了一些关于宇宙早期文明封印黑暗力量的模糊记载，但具体的方法和位置仍不明确。
联盟的重建工作在各个友好文明的帮助下有序进行。主遗迹的修复工作已经完成了一大半，其曾经受损的能量防护系统得到了加强，不仅能够抵御更强大的外部攻击，还具备了一定的自我修复能力。各个据点和星球也逐渐恢复生机，人们在重建家园的同时，积极参与联盟组织的防御训练，增强自身的安全意识。
为了应对新出现的时空扭曲现象，联盟决定派遣一支由物理学家和空间技术专家组成的小队前往调查。这支小队乘坐着一艘配备了最先进时空探测设备的飞船出发了。当他们接近时空扭曲区域时，飞船的导航系统开始出现紊乱，各种仪器的数据变得杂乱无章。队员们凭借着丰富的经验和手动操作技巧，艰难地维持着飞船的稳定。
在靠近扭曲核心的地方，他们发现了一艘巨大的神秘飞船。这艘飞船的外形古老而奇特，船身上刻满了奇怪的纹路和符号，与之前发现的金属板上的符号有相似之处。飞船周围环绕着强大的能量场，正是这个能量场导致了时空的扭曲。小队成员尝试与神秘飞船建立联系，但没有得到任何回应。他们决定冒险派出一艘小型探测器靠近神秘飞船，获取更多信息。
探测器在接近神秘飞船的过程中，遭遇了一系列的能量攻击。这些攻击似乎是某种自动防御机制，但经过分析，这种攻击的能量形式与黑暗能量有一定的关联。探测器成功获取了神秘飞船表面的部分扫描数据后返回，但在返回途中受到能量攻击的影响，部分数据丢失。不过，仅从剩余的数据中，专家们就发现了惊人的信息：神秘飞船内部可能存在着控制时空的关键装置，而且这种装置与宇宙中古老文明的科技有关。