联盟对捕捉到的不明飞行物高度重视，将其安置在一个特殊的研究基地中。这个基地戒备森严，各种先进的探测和防护设备环绕四周，以确保研究过程的安全与机密性。
科学家们首先对不明飞行物的外观进行了详细的勘查。它的外壳呈现出一种金属光泽，但材质却与联盟所熟知的任何金属都不同，质地坚硬且似乎能够自我修复，在某些部位还闪烁着奇异的纹路，仿佛是某种能量线路。研究人员使用高精度的扫描仪对其进行全方位扫描，构建出精确的三维模型，以便深入分析其结构。
在研究内部构造时，科学家们遭遇了巨大的困难。不明飞行物内部的空间布局极为复杂，各种设备和线路相互交织，而且似乎有着某种自我保护机制，一旦探测仪器靠近，就会触发微弱的能量干扰，导致数据读取不准确。为了克服这一问题，科学家们研发了特殊的抗干扰探测设备，小心翼翼地逐步深入探索。
经过艰苦的努力，他们发现了一些疑似能源核心的装置。这些装置散发着强烈的能量波动，但能量的形式却前所未见。联盟的科学家们尝试用各种方法去解析这种能量，从传统的能量分析理论到最新的量子能量研究成果都用上了，然而进展缓慢。与此同时，对不明飞行物的操控系统的研究也陷入了僵局，其操作界面和控制逻辑完全超出了联盟现有的认知体系，没有任何可供参考的相似案例。
在社会层面，联盟民众对不明飞行物的研究充满了期待和好奇。各种媒体纷纷报道特别行动队的英勇事迹以及不明飞行物可能蕴含的巨大秘密。学校里，孩子们围坐在一起讨论着不明飞行物的样子和可能的来历，这激发了许多年轻人对科学研究和宇宙探索的热情。一些民间团体自发组织起来，为研究基地提供物资支持和精神鼓励，他们坚信这一研究将为联盟带来前所未有的变革。
外交方面，联盟与盟友分享了捕捉不明飞行物的消息。盟友们表现出浓厚的兴趣，纷纷派遣自己的顶尖科学家前来参与联合研究，希望能在这一神秘领域共同探索，获取对双方都有益的成果。这进一步加强了联盟与盟友之间的合作关系，使军事同盟更加稳固。而那些原本持观望态度的中立势力，看到联盟在面对未知挑战时的强大实力和果断行动，也开始重新审视与联盟的关系，其中一些势力主动提出要加强与联盟在科技、贸易等多领域的交流与合作。
然而，就在联盟全力研究不明飞行物之际，边境星系的局势并未因此而平静。仍然有不明飞行物在边境出没，它们的活动似乎变得更加频繁和有组织。巡逻舰队不断传来遭遇不明飞行物的报告，这些不明飞行物常常以高速掠过巡逻战舰，释放出一些干扰信号，虽然没有造成实质性的攻击，但却让战舰的通讯和探测系统陷入短暂混乱。