在又一次成功击败使徒后，大雄、哆啦A梦、胖虎和静香操控着EVA机体返回了NERV总部。
一路上，大家都沉浸在胜利的喜悦中，但同时也深知每一次与使徒的战斗都让他们更加明白这个世界的危险与复杂。
回到总部，科研人员们立刻忙碌起来，对鲸鱼使徒的残骸进行全面细致的研究。
大雄他们则拖着疲惫的身躯走向休息区，准备稍作休息后继续投入训练。
胖虎一屁股坐在椅子上，大大咧咧地说：“哈哈，这次又打赢了，我就说嘛，那些使徒再厉害也不是我们的对手！”
静香白了他一眼，无奈地说：“胖虎，你可别太得意了，每次战斗都那么惊险，我们能赢也是靠大家齐心协力，而且使徒每次出现都有新花样，谁知道下一次会遇到什么样的难题呢。”
大雄也点头赞同静香的话，说道：“是啊，静香说得对，我们不能掉以轻心。这次鲸鱼使徒利用海水攻击的方式就很棘手，还好我们想出了应对的办法。”
哆啦A梦从四次元口袋里掏出一些恢复能量的小零食，分给大家，说：“大家先吃点这个补充下能量吧，接下来的训练还得加油呢。经过这次战斗，我们又积累了不少经验，希望下次遇到使徒能更从容应对。”
众人接过零食，边吃边聊起了这次战斗的细节，互相分享着自己在战斗中的发现和感受。
然而，就在他们休息没多久，总部内突然响起了一阵急促的警报声。众人心中一惊，立刻停下手中的动作，朝着指挥室跑去。
一进指挥室，就看到大屏幕上显示出城市中心的一片繁华商业区出现了强烈的能量波动，而且这次的能量波动呈现出一种极为紊乱的状态，仿佛有多个强大的力量在相互冲突。
碇司令面色凝重，大声说：“驾驶员们，准备出击！这次的情况前所未有的复杂，从能量波动来看，可能不止一个使徒出现，大家一定要小心谨慎！”
大雄、哆啦A梦、胖虎和静香对视一眼，他们从彼此的眼中看到了担忧，但同时也有着坚定的决心。
“好的，司令，我们马上出发！”大雄坚定地说道。
众人迅速进入各自的EVA机体，启动后朝着能量波动的区域飞去。
当他们赶到现场时，眼前的景象让他们大为震惊。只见商业区的高楼大厦之间，多个巨大的身影在肆虐着。有一个形似巨大螃蟹的使徒，正用它那巨大的钳子不断地夹断高楼的支撑柱，导致高楼摇摇欲坠；还有一个如同巨大飞鸟的使徒，在空中盘旋着，时不时地俯冲向地面，用它尖锐的爪子撕裂着街道和建筑；另外，还有一个类似巨大蟒蛇的使徒，在街道上蜿蜒爬行，所到之处一片狼藉。
“哇，这次怎么这么多使徒啊！”大雄通过通讯器惊恐地喊道。