地球的近地轨道
一艘外表奇特类似火箭的飞船从位于亚空间的超光速飞行里退出，停泊在了近地轨道上。这艘飞船里，正是两万年前被行星哥斯拉赶出地球的人类文明、波鲁萨鲁多文明和分支艾克西夫文明的文明联合体。
时光倒流至两万年前，这颗蔚蓝的行星之上，无数头形态各异、体型巨大、实力强大的怪兽从深海、高空、神话等各种地方出现，开始了地球主宰之位的争夺。最后，一只前所未有的恐怖生物——行星哥斯拉横空出世！它那庞大如山岳般的身躯、无坚不摧的力量、能够毁灭一切的原子吐息以及令人胆寒的咆哮声，仿佛预示着末日的降临，许多比哥斯拉更早出现的怪兽被行星哥斯拉用原子吐息化为灰烬彻底消灭。
面对如此强大的敌人，当时尚处于萌芽阶段的人类文明显得无比脆弱和渺小。他们竭尽全力地抵抗，但却如同螳臂当车一般，被行星哥斯拉打得毫无还手之力，只能节节败退。
就在人类陷入绝望之际，一个自称为艾克西夫文明分支的势力突然现身。他们口口声声说要帮助人类消灭行星哥斯拉这个可怕的威胁。然而，事实证明这不过是个幌子罢了。这些所谓的“盟友”来到地球上之后，并没有采取任何实质性的行动来对抗行星哥斯拉，反而开始大肆传教，试图将自己的信仰强加于人类身上。
与此同时，另一个因被黑洞吞噬了母星而被迫沦为流浪文明的种族——毕鲁萨鲁多文明，也悄然抵达了地球。这个文明深知自身处境艰难，急需寻找新的栖息地以求生存。于是，他们向地球人类文明提出了一项看似诱人的交易：只要人类愿意割让一部分领土供其居住，毕鲁萨鲁多文明便会倾尽全力协助人类铲除行星哥斯拉。
经过一番权衡利弊，走投无路的人类最终接受了这笔交易。毕鲁萨鲁多文明随即投入到紧张的备战之中，并利用先进的科技手段研制出了一款名为纳米机械哥斯的超级武器。这款由纳米金属打造而成的机器人，理论上拥有足以与行星哥斯拉一较高下的实力。
然而，命运总是充满了戏剧性。正当毕鲁萨鲁多文明准备启动使用纳米金属制造的机械哥斯拉时，行星哥斯拉竟然抢先一步发动了袭击。它以雷霆万钧之势直捣纳米机械哥斯拉的制造基地，瞬间将整个基地夷为平地。还未来得及成功启动的纳米机械哥斯，就这样在行星哥斯拉的猛烈攻击下化为一堆废铁，仅剩下一个残破不堪的头部苟延残喘。