于崇祯而言，在诸多棘手难题之中，除了令人头疼不已的财赋困境之外，最为关键且紧要的便是军权的掌控。如何巧妙而有效地将那些骄兵悍将牢牢地掌控于自己的股掌之间，使其成为巩固大明江山的坚实力量，而非威胁统治的不安定因素，崇祯可谓是绞尽脑汁，费尽了一番心思。
为了能更为顺利地将兵权紧紧抓在手中，崇祯毅然决然地下令对早已形同虚设的五军都督府进行大刀阔斧的改革，将其改制为大都督府，期望以此为契机，重塑军事指挥体系，强化皇权对军队的绝对掌控力。
明朝立国之初，五军都督府的权力很大，各都督不仅负责管理卫所的训练与生产，还可参与到明朝中央军事决策中。但是五军都督府对军队无调遣权，其调遣之权由皇帝直接掌管；兵部在军队中虽有任免、升调、训练之权，但不统兵。这就保证了皇权对兵权的掌控。
只是天有不测风云，土木堡之变这一重大历史变故如同一颗巨石投入平静的湖面，彻底打破了原有的军事权力格局，使之渐渐发生了根本性的改变。
在京师保卫战中，兵部尚书于谦挺身而出，以一己之力挽狂澜于既倒，扶大厦之将倾，成功击退敌军，保卫了京师的安全。此等丰功伟绩深深地铭刻在世人心中，也在无形之中给世人留下了一种深刻而强烈的印象：关键时刻，还是得依靠文官的智慧与力量。故而景泰帝登基之后，便任命于谦提督京营，自此，兵部的地位如日中天，开始迅速崛起，而五军都督府的权力则如夕阳西下，逐步走向衰落，渐趋式微。
随着时间的推移，局势愈发严峻，连卫所将领的选拔和更替、卫所士卒的操练等关键事务都被陆续收归兵部掌管，五军都督府的权力范围急剧萎缩，最后仅剩下管理军户户籍和屯田等寥寥无几的事务，往昔的辉煌早已不复存在，其地位已然一落千丈。待到后来，就连这仅剩的管理军户户籍和屯田的权力也被无情地收归兵部，至此，五军都督府彻底沦为一个徒有虚名、有名无实的空壳部门。
当然，造成这一局面的主要根源乃是明朝彻底由文武并重的政策导向转向了重文抑武的治国理念。这种转变虽在一定程度上维护了皇权的稳定，却也不可避免地滋生了一系列新的棘手问题：文官因地位的提升而轻视武将，武将则因备受压抑而对文官阳奉阴违，双方矛盾日益加深，犹如一道深深的裂痕，逐渐撕裂了明朝的军事管理体系，严重削弱了军队的战斗力与凝聚力。
在这种复杂而微妙的形势之下，文官的军事素养在很大程度上决定了军事局面的走向。文官看待战争更多地是从政治的宏观角度出发，注重战争背后的政治考量、外交影响以及国内局势的稳定；而武将看待战争则更侧重于军事的专业角度，着眼于战术的运用、兵力的调配以及战场的实际形势。故而当如卢象升、洪承畴、孙传庭等军事素养较高的文官活跃于军事舞台之时，明末的军事形势便能维持相对稳定的局面，军队在他们的指挥下尚有一战之力；然而，当他们或因阵亡沙场，或因战败被俘，相继退出历史舞台之后，明末的军事形势便如同失去了掌舵之人的航船，瞬间陷入急转直下的困境，并在不久之后便走向了灭亡的深渊，令人扼腕叹息。