叶天带领的巡视组在对食品安全局进行深入巡视的过程中，逐渐揭开了一层又一层隐藏在看似平静表面下的严峻问题。这些问题犹如潜伏在黑暗中的毒瘤，不仅侵蚀着食品安全监管的根基，也严重威胁着民众的生命健康和对政府部门的信任。
巡视组首先发现食品安全局在内部管理方面存在着严重的混乱。文件档案的整理和保存杂乱无章，许多重要的政策文件、执法记录以及食品企业的相关资料缺失或难以查找。这导致在处理食品安全事件时，工作人员无法及时获取准确的信息，严重影响了工作效率和决策的科学性。例如，在调查一起涉及多家食品企业的质量问题案件时，由于相关档案资料的缺失，巡视组花费了大量的时间和精力去重新收集和核实信息，使得调查进度严重滞后，给不法企业留下了可能销毁证据或逃避责任的时间窗口。
在人员配置方面，食品安全局也存在着不合理的现象。一些关键岗位的人员配备不足，导致工作任务繁重，工作人员长期处于高负荷运转状态，从而影响了工作质量。而在一些非关键岗位上，却存在着人员冗余的情况，这不仅造成了人力资源的浪费，还使得部门内部的工作协调变得更加复杂。例如，在食品检测部门，由于专业检测人员的短缺，许多食品样本的检测工作积压，无法及时完成，而一些行政后勤岗位却人员过多，工作效率低下，甚至出现了人浮于事的现象。
更为严重的是，食品安全局的部分工作人员业务能力严重不足。他们对食品安全法律法规的理解不够深入，在执法过程中常常出现适用法律错误的情况。对于新出现的食品安全问题和技术，如转基因食品的监管、食品添加剂的新种类等，缺乏足够的了解和应对能力。在一次对一家使用新型食品添加剂的企业进行检查时，执法人员由于对该添加剂的相关标准和安全性不熟悉，无法准确判断企业的使用是否合规，只能暂时搁置检查，这给企业的生产经营带来了不必要的困扰，也暴露了食品安全局工作人员业务能力的短板。
除了这些工作层面的问题，巡视组还发现了食品安全局内部存在着严重的腐败现象。一些工作人员利用职务之便，收受食品企业的贿赂，为其违规行为提供庇护。在食品企业的审批环节，部分腐败分子违规操作，使得一些不符合生产条件的企业顺利获得许可证。他们对这些企业的生产环境、卫生标准等方面视而不见，只要收到足够的好处费，就大开绿灯。例如，一家原本卫生条件极差、生产设备简陋的小型食品加工厂，在向食品安全局的某些工作人员行贿后，竟然顺利通过了审批，开始生产食品并流入市场。这些不合格的食品无疑给消费者的健康带来了巨大的风险。
在日常监管中，腐败分子也频繁为问题企业通风报信。每当有突击检查或专项整治行动时，他们会提前通知那些与之勾结的企业，让企业有时间做好应对准备，隐藏违规证据。这使得许多监管行动流于形式，无法真正发现和解决问题。在一次针对地沟油生产窝点的排查行动中，由于内部人员的泄密，执法人员到达现场时，窝点早已人去楼空，设备和原料也被转移，只留下一片空荡荡的厂房。