清水祖师庙作为信仰的物质载体，遍布闽南、台湾及东南亚各地，其建筑风格独特，具有极高的艺术价值。这些庙宇一般依山而建，与周围的自然环境相得益彰，体现了对清水祖师山林修行的呼应。庙宇的建筑结构严谨，多为中轴线对称布局，包括山门、钟鼓楼、大殿、后殿等主要建筑，以及东西厢房等附属建筑。
山门是庙宇的入口，通常气势恢宏，飞檐翘角，造型精美。门上往往镶嵌着精美的木雕或石雕，题材多为神话传说、历史故事或与清水祖师相关的内容，如祖师的生平事迹、显灵场景等。这些雕刻工艺精湛，人物形象栩栩如生，花鸟鱼虫等图案细腻逼真，展现出民间工匠的高超技艺。进入山门后，庭院开阔，两侧的钟鼓楼相对而立。钟楼内悬挂着大钟，鼓楼中放置着大鼓，它们不仅在祭祀仪式等重要活动中用于报时和营造庄严氛围，也象征着阴阳平衡、天地和谐。
大殿是清水祖师庙的核心建筑，殿内供奉着清水祖师的神像。清水祖师的神像造型庄严肃穆，他通常身着袈裟，手持法器，面容慈祥而威严，眼神中透露出对众生的怜悯。神像的材质多样，有木雕、泥塑等，其中木雕神像最为常见。木雕工艺在神像的塑造上发挥到了极致，从祖师的面部表情到服饰的褶皱，都刻画得细致入微。大殿的内部装饰华丽，梁枋上绘有色彩斑斓的彩绘，内容多与佛教教义、祖师功德相关，如祖师行医济世、祈雨救灾等画面。这些彩绘不仅具有装饰性，更具有教育意义，向信众传播着清水祖师的慈悲精神。大殿的屋顶形式多样，有歇山顶、悬山顶等，屋顶上的琉璃瓦在阳光的照耀下闪闪发光，彰显出庙宇的尊贵。
后殿一般供奉着与清水祖师相关的其他神只，如护法神等，体现了宗教信仰体系的完整性。东西厢房则用于存放祭祀用品、经书典籍，或者作为庙宇管理人员的住所、信众休息的地方。庙宇内还有众多的碑刻、匾额等文物，这些碑刻记载了庙宇的修建历史、捐资者名单、清水祖师的灵验事迹等内容，是研究清水祖师信仰和地方历史文化的重要资料。匾额则多为名人所题，字体或苍劲有力，或飘逸洒脱，为庙宇增添了浓厚的文化氛围。