在星际恢复和平后的漫长岁月里，联盟与新兴势力携手共进，各星球繁荣昌盛，科技飞跃发展，曾经饱经战火的土地已难寻疮痍痕迹，孩童们在星际学园中学习着宇宙的知识，畅想着探索未知的冒险；商船穿梭于星系之间，贸易兴旺，不同种族的商人交流着奇珍异宝，欢声笑语回荡在星际港口。
然而，宇宙深处的某个隐秘角落，黑暗正悄然滋生。一艘破旧的探索飞船在执行常规任务时，意外闯入一片神秘的引力异常区，这里时空扭曲，仪器失灵。当船员们好不容易稳定住飞船，向外探测时，竟发现了一些微弱却熟悉的能量波动——那是与“暗影议会”极为相似的能量残留，可当初明明已确认该组织覆灭，所有相关技术与能量源都被销毁或封印。
消息传回联盟，林宇博士眉头紧锁，他深知这绝非偶然。立刻组织科研团队展开深入调查，从那艘探索飞船带回的数据中，他们发现这些能量波动似乎遵循着一种全新的加密模式，复杂程度远超以往。与此同时，星际间多处偏远的科研观测站莫名失联，最后传回的影像资料中，隐隐有黑色身影闪过，紧接着便是一片死寂。
杰克船长也察觉到异样，联合舰队加强巡逻力度，可奇怪的是，每次舰队抵达疑似事发区域，都只剩一片虚空，找不到任何敌人的踪迹，仿佛有一双无形的手在操控着一切，将线索巧妙隐藏。一日，舰队巡航至一颗资源小行星附近，突然遭遇强烈的能量冲击，数艘战舰瞬间护盾破裂，陷入瘫痪。杰克船长定睛一看，只见一群形似幽灵的战机从隐匿的暗物质云中窜出，它们没有实体标识，攻击手段却狠辣精准，与“暗影议会”的作战风格如出一辙。
联盟与新兴势力紧急召开高层会议，众人意识到，一个比“暗影议会”更隐秘、更具威胁的组织正在崛起，暂命名为“暗影余烬”。林宇博士推测，当年“暗影议会”覆灭时，或许有部分残余势力带着核心机密遁入宇宙最深处，在漫长蛰伏中，他们不仅修复强化了原有的黑暗科技，还融合了未知的神秘力量，悄然壮大。
为了探寻真相，联盟决定派出一支由精英特工组成的特别行动队，深入宇宙未知区域。行动队成员精通多种技能，涵盖情报分析、格斗搏击、科技破解等各个领域。队长艾丽，是一位拥有超强感知力的女战士，她眼神坚毅，肩负着众人的期望踏上征程。
行动队乘坐一艘经过特殊改装的隐形探索舰，悄然离开联盟疆域。一路上，他们凭借先进的隐匿技术，避开诸多潜在危险，向着能量波动源头进发。行至一处神秘的星际深渊，这里光线昏暗，引力紊乱，四周弥漫着古老而神秘的气息。突然，探索舰被一股强大力量拉扯，险些失控坠入深渊底部。艾丽当机立断，启动应急推进器，同时释放探测器，竟发现深渊底部隐藏着一座巨大的黑暗堡垒，堡垒周身环绕着诡异的能量漩涡，不断吞噬着周边的物质与能量，显然是“暗影余烬”的一处重要据点。