联盟击退“虚空暗影”后，宇宙重归短暂安宁。星际间贸易航线愈发密集，科技成果广泛应用，诸多荒芜星球在生态修复技术下焕发生机。然而，平静表象下，一股神秘暗流正悄然涌动，将联盟再度拖入未知险境。
林宇博士在一次常规的宇宙背景辐射监测中，发现了一组极为异常的能量波动。这波动忽隐忽现，频率杂乱无章，源头似乎来自遥远深空的一片神秘星云。出于科学家的敏锐直觉，他决定带领科研小组深入调查。当他们乘坐特制探测舰接近星云时，所有仪器瞬间失灵，探测舰仿佛被一股无形力量拉扯，径直冲入星云内部。
映入眼帘的是一片如梦如幻的光域，奇异光线交织成复杂图案，让人目眩神迷。可还没等他们惊叹，危险接踵而至。
周围凭空出现许多形如水晶的巨大几何体，这些几何体表面流动着危险的电流，它们时而聚合，时而分散，不断改变着周围空间结构，使探测舰被困在一个狭小区域，动弹不得。林宇博士意识到，这或许是某种远超认知的古老防御机制。
与此同时，艾丽的特别行动队接到了一系列离奇失踪案件。多个星球上的科研站、通讯枢纽莫名失去联系，现场没有任何打斗痕迹，人员仿佛瞬间蒸发。艾丽凭借丰富经验，沿着残留的微弱能量踪迹追踪，竟发现线索指向同一处——一片被遗忘的古老星区。这片星区被强大的引力场笼罩，常规飞船根本无法靠近。艾丽果断启用经过改装的强动力穿梭机，带领队员强行闯入。
进入星区后，他们看到了一座荒废已久的巨型空间站。空间站的墙壁上刻满了奇异符号，散发着幽微蓝光。正当他们准备深入调查时，站内突然涌出一群机械傀儡。这些傀儡动作机械却精准，眼部闪烁着诡异红光，手持能发射麻痹射线的武器，向行动队发起猛烈攻击。
杰克船长负责的边境防御也出现了棘手状况。大量不明飞行物频繁出现在边境空域，这些飞行物形状各异，有的像展翅的飞鸟，有的似旋转的陀螺，它们速度奇快，机动性极高，且能释放出一种可以干扰舰队通讯和导航的电磁脉冲。更令人不安的是，它们似乎在有组织地试探联盟防线，每次攻击后便迅速撤离，不给舰队反击的机会。
面对这一系列危机，联盟紧急召开战略会议。经分析判断，这些事件背后大概率隐藏着同一个幕后黑手，很可能是一个蛰伏许久、企图颠覆联盟的古老势力苏醒了。为应对危机，联盟迅速集结各方精锐，组成“幻光远征军”：林宇博士在被困星云内，利用手头资源尝试破解古老防御，探寻能量波动真相；艾丽率行动队在古老空间站，对抗机械傀儡，寻找失踪人员与解开谜团的关键线索；杰克船长统领舰队，研发新型反干扰装备，主动出击，驱逐不明飞行物，扞卫联盟疆土。