联盟战胜“星渊”危机凯旋而归，宇宙各处沉浸在欢庆氛围中，星球间贸易航线重开，文化交流频繁，一片繁荣复兴之景。但林宇博士、艾丽和杰克船长等人无暇沉醉，他们深知，“星渊”封印不过是权宜之计，宇宙暗流涌动，新威胁随时可能破土而出。
在联盟总部，一场顶级战略会议紧急召开。科研团队汇报，虽成功封印“星渊”，但监测数据显示，宇宙暗能量分布愈发失衡，多处出现小规模能量紊流，如同暴风雨前的蚁穴。林宇博士眉头紧锁，提出深度探索暗能量根源、研发主动制衡技术的计划，获高层一致通过。
艾丽则关注到，联盟内部新老成员磨合渐显问题。战后涌入大量年轻新兵与科研新手，他们满怀热血却欠缺经验，在执行复杂任务时与老一辈的沉稳严谨冲突不断。艾丽决定创立“星耀学院”，集训练、传承、交流为一体，让联盟精神与实操技艺薪火相传。
杰克船长负责强化联盟防线。他率队巡航星际边疆，发现一些偏远星系防御薄弱，海盗与不法流民趁虚而入，劫掠商船、扰乱秩序。于是，他着手构建“星链防御网”，联合各星系自制武装，共享预警信息，筑起一道抵御外敌的钢铁长城。
学院初创，艾丽四处奔走，招募资深精英担任教官，又亲自设计课程。实战模拟训练场上，新老学员分组对抗，年轻队员凭借创新战术出奇制胜，却因善后疏忽陷入被动；老学员稳扎稳打，可面对新科技装备运用生疏。艾丽借机引导大家相互学习，分享战斗、科研中的成败关键，逐渐消弭隔阂。
科研一线，林宇博士的团队陷入困境。探索暗能量需超精密仪器，现有的在极端环境下故障频发。关键时刻，一位年轻天才研究员提出借鉴古老文明的“灵晶聚能”原理，改良探测器核心。众人挑灯夜战，融合新旧技术，新型暗能量多维探测器诞生，成功捕捉到暗能量异常聚集点竟与失落的“星穹遗迹”方位重合。
杰克船长的“星链”建设同样阻碍重重。部分星系资源匮乏、技术落后，无力承担防御基站建设成本。他穿梭各星系斡旋，协调富裕星球帮扶，又引入模块化组装技术，降低建设门槛。期间，遭遇海盗集团蓄意破坏，他们伪装成援建商队偷袭工地。杰克船长当机立断，启动应急反击预案，以新战舰为核心，联合当地民兵，将来犯之敌一网打尽。