联盟带着从古老文明遗迹获取的宝贵知识返回后，开启了紧锣密鼓的发展与变革。科研基地中，林宇博士带领团队全力攻克古老暗能量调控技术的应用难题，新型的净化装置在多个污染星球试点成功，灰暗的天空逐渐重现湛蓝，生机开始复苏。
艾丽组织的全民应急培训如火如荼，各星球民众踊跃参与，熟练掌握各类防护及救援技巧，凝聚力空前高涨。杰克船长督造的新一代战舰也初见雏形，融合神秘舰队的先进设计与古老文明智慧，火力与机动性大幅提升。
然而，就在联盟沉浸于蓬勃发展之际，一封来自遥远星系的求救信号打破了平静。信号断断续续，夹杂着强烈的干扰杂音，但关键信息清晰可辨：一个名为“星耀联邦”的文明正遭受莫名的“时空乱流”侵袭，整个星系陷入时空扭曲的绝境，星球破碎、文明崩塌，急需援手。
联盟高层紧急商议，虽对“时空乱流”了解甚少，但出于对宇宙生命共同体的责任，决定派出救援特遣队。
林宇博士主动要求加入，他深知此次救援或许能为联盟进一步探索时空奥秘提供契机，同时带上了最新研制、尚未完全稳定的时空稳定装置原型机；艾丽挑选最出色的突击队员随行，确保地面救援行动高效有力；杰克船长亲率新编战舰编队护航，战舰上搭载着可适应极端环境作战的特种装备。
特遣队向着“星耀联邦”疾驰而去，一路上遭遇诸多超乎想象的困境。
临近目标星系时，星际空间仿佛破碎的镜子，时空裂缝纵横交错，稍不留神就有被吞噬的危险。杰克船长凭借精湛驾驶技术和战舰先进的探测预警系统，小心翼翼地穿梭其中，为后面的船只开辟安全航道。
一次，一艘护航舰不慎被小型时空裂缝卷入，瞬间失联。杰克船长当机立断，命令其余战舰抛出牵引光束，同时调整自身位置，形成稳定的引力场，与时空裂缝的撕扯力抗衡，经过惊心动魄的几分钟，终于将护航舰拉回。
好不容易抵达“星耀联邦”星系，映入眼帘的是末日般惨状。星球崩解成无数碎片，残骸在错乱的时空中无序漂浮，文明的痕迹被抹得七零八落。林宇博士启动时空稳定装置原型机，试图平复周边紊乱的时空波动。可装置刚运行不久，便因能量过载发出警报，内部核心元件不堪重负，有过热烧毁风险。林宇博士与技术人员迅速抢修，重新校准能量输出线路，紧急注入备用能源，才让装置勉强维持运行。