联盟战胜“暗影苍穹”，宇宙重归短暂平静，各星球沉浸在劫后余生的喜悦中。繁华都市里，重建家园的热火朝天；科研院校内，对新技术的钻研如火如荼，孩童们满怀憧憬地学习宇宙知识，一切似在宣告光明永驻。
林宇博士在实验室，反复推演“曙光”武器的数据，期望优化性能，预防未知威胁。艾丽穿梭于各星系，巩固联合救援网络，培训新血，分享实战经验。杰克船长率舰队巡航，守护贸易航线，为往来商船保驾护航，顺带探索宇宙新边界，绘制星图。
一日，一艘探索飞船归航，带回惊人情报：在偏远死寂星系，检测到暗能量异常波动，与“混沌主宰”残党活动特征吻合。联盟高层即刻警觉，深知平静下暗流涌动。经深度分析，判定这伙残余势力或在酝酿反扑，正秘密汲取暗能量，意图东山再起。
联盟迅速应对，派遣精锐侦察小队，由王牌飞行员“星隼”领队，携最先进探测器，悄然潜入目标星系。星隼操控飞船，如鬼魅穿梭星际尘埃，凭借高超技艺避开暗礁与巡逻敌舰。接近可疑区域，只见虚空之中，一座巨大人造天体隐匿其中，外表似荒废星球，实则内部暗藏玄机，暗能量光芒在裂缝处若隐若现。
小队试图靠近，却触发隐形力场警报。瞬间，敌方战机蜂拥而出，形似鬼魅，速度奇快，发射的暗能量光束杀伤力巨大。星隼镇定指挥，飞船灵活躲闪，炮手伺机反击，利用特制弹药干扰敌机追踪。激战中，一艘敌舰锁定队员小刘的战机，千钧一发之际，队友小王发射牵引光束，将小刘战机拉至安全区，自己战机却被暗能量擦过，机翼受损，操控失衡，紧急迫降在天体表面。
林宇博士得知战情，立刻组织科研后援。他远程指导小王修复战机，凭借对机械结构的精通，小王在恶劣环境下，用备用零件替换受损部位，重启引擎。同时，博士研发出新型反隐形装置，能穿透敌方力场干扰，锁定关键目标。艾丽紧急调配周边星系救援力量，备好医疗舱、能量补给，随时驰援。杰克船长率舰队全速赶来，战舰主炮充能，威慑敌方。