在“星耀五号”的残垣断壁间，联盟战士们来不及喘息，便迅速投入到星球的重建工作中。工程师们操控着修复无人机，在废墟之上忙碌穿梭，试图重建通讯塔与能源设施；医疗队伍争分夺秒地救治伤员，临时搭建的医疗舱内充斥着痛苦的呻吟与鼓励的低语。
然而，平静只是短暂的假象。“星刃”队长收到情报，联盟的资源补给线遭到了暗影势力的疯狂袭击。这条补给线连接着多个重要星球，为前线输送着能源、武器与物资，一旦被切断，联盟将陷入弹尽粮绝的绝境。队长紧急召集众人，决定兵分两路，一路由“钢拳”带领，护送工程师团队前往修复受损的补给站点；另一路由自己亲率，驾驶改装后的高速战舰，直击暗影势力的伏击舰队，为护送队争取时间。
“钢拳”率队刚抵达一处关键补给站，就遭遇了暗影机械傀儡的围攻。这些傀儡身形各异，有的如蜘蛛般灵活，在建筑残骸间攀爬跳跃，发射出带有麻痹效果的暗影电流；有的似巨熊般强壮，手持沉重的暗影战锤，每一次砸落都能震碎大片地面。“钢拳”的机甲在之前战斗中受损严重，动力系统不时发出警报，但他咬紧牙关，利用补给站内的地形，与敌人周旋。
工程师们在枪林弹雨中抢修能源管道，一名年轻的工程师为了修复关键线路，不顾危险冲向受损区域，却被一道暗影电流击中。“钢拳”见状，怒吼着冲向那只机械蜘蛛，光子拳套在愤怒的催动下，光芒大盛，一拳将其轰成碎片，救下了工程师。众人齐心协力，终于修复了补给站，能源重新流动，物资开始输送。
另一边，“星刃”队长的舰队在茫茫宇宙中与暗影伏击舰队相遇。对方显然早有准备，战舰呈扇形散开，暗紫色的能量炮口闪烁着寒光。“星刃”队长冷静指挥，战舰群迅速变换成菱形阵，以主炮集中火力攻击敌方旗舰。但暗影舰队十分狡猾，旗舰隐藏在众多僚舰之后，利用僚舰作为盾牌，不断发射干扰弹，让联盟舰队的瞄准系统失效。
紧急时刻，艾丽通过联合救援网络协调来一批星际雇佣兵。这些雇佣兵驾驶着灵活多变的游击艇，从侧翼和后方突袭暗影舰队。他们发射出特制的烟雾弹，干扰了暗影舰队的视觉识别系统，使其阵形大乱。联盟舰队抓住机会，突破防线，成功摧毁了敌方旗舰，残余的暗影战舰四散逃窜。
可危机并未解除，联盟总部监测到，暗影势力正在一颗无人星球上建造巨型的“暗影传送门”。一旦建成，他们将能从宇宙深处的混沌领地调集海量援军，届时联盟将面临灭顶之灾。“星语”博士分析数据后认为，只有用“灵晶”的力量封印传送门，才能阻止这场灾难。