联盟舰队尚未靠近，就被一层能量力场弹开。艾丽通过联合救援网络，向擅长破解能量防护的星际学者求助，得到一组复杂破解程式。舰队依此调整武器频率，再次冲击。与此同时，“钢拳”带领突击队乘坐穿梭舱，强行突破力场薄弱处，降落在枢纽表面。
这里遍布暗影炮台与机械卫兵，炮台发射的暗物质光束腐蚀性极强，机械卫兵行动敏捷，能组合成防御阵型。“钢拳”等人在枪林弹雨中艰难推进，利用地形与敌人周旋。“星语”博士在战舰上监测，发现枢纽运转有个关键能量中枢，位于地下深处。
“睿文”学者带着工程小队深入地下，一路上克服重重机关，找到中枢。但中枢被坚冰般的暗影结晶保护，常规炸药无法撼动。紧急时刻，“星语”博士想到利用“灵晶”能量共振，远程指导“睿文”操作。当“灵晶”靠近结晶，两者产生高频振荡，结晶出现裂痕。
地面上，联盟舰队与暗影残余战舰激烈交火，战舰不断陨落，化作宇宙中的残骸。“星刃”队长亲自驾驶旗舰，冲锋在前，主炮持续轰鸣。在内外夹攻之下，暗影结晶轰然破碎，“虚空枢纽”能量紊乱，开始自我崩解。
随着一声巨响，“虚空枢纽”爆炸，强大的能量冲击席卷四周，暗影势力哀号遍野。联盟舰队护盾全开，抵御冲击，虽有损伤，但成功挺过。经此一役，暗影力量被大幅削弱，联盟迎来宝贵喘息之机。
各星球上，民众欢庆胜利，重建家园的热情高涨。联盟高层趁势制定下一步战略，一方面加强边境防御，防止暗影残党反扑；另一方面加大科研投入，挖掘古老文明遗产，探寻彻底根除暗影的方法。战士们稍作休整，眼中满是坚毅，准备奔赴下一场未知的战斗，向着宇宙和平的曙光，永不停歇地迈进。