在战胜“虚空邪灵”、平息“星耀联盟”叛乱后，星际联邦迎来了一段相对平静的发展期。联盟也借此机会全力投入自身建设与对外探索。
“星语”博士主导建立了一座横跨多个星系的“星际科研交流中心”，这里汇聚了来自宇宙各地的顶尖科研人才。他们日夜钻研，试图突破能源传输的瓶颈，让星际航行更加高效便捷。功夫不负有心人，团队成功研发出“量子跃迁中继器”，它能在宇宙中定点搭建能量节点，使战舰实现近乎瞬间的跨区域移动，极大缩短了星际旅行的时间成本。
艾丽则将目光投向了文化融合领域。她组织举办了一场盛大的“星际文化节”，各个种族带着独特的艺术、音乐、美食前来展示交流。在欢快的氛围中，不同肤色、不同形态的生物相互欣赏、相互学习，逐渐消除了因误解产生的隔阂。通过这一活动，联盟收获了诸多异族盟友，星际联邦内部的凝聚力进一步增强。
“钢拳”负责优化各星球的防御体系。他结合不同种族的建筑特色与防御技术，设计出一套“星环堡垒”方案。这些堡垒环绕星球而建，配备有智能能量护盾、反物质炮等先进武器，既能抵御外敌入侵，又能在灾害来临时保护星球居民。多个星球在“星环堡垒”的守护下，安全感大增。
然而，和平的表象下，危机悄然滋生。联盟的一支深空探测队在探索一个古老星系时，意外触发了一道神秘的星际信号。这信号穿越无尽时空，向宇宙深处飞速扩散。起初，众人并未在意，直到星际联邦的边缘星球陆续遭受不明生物的袭击。
这些生物形如鬼魅，能在虚实之间自由切换，普通武器对它们难以造成有效伤害。它们行动迅速且毫无章法，所过之处一片狼藉。“星刃”队长紧急率舰队前往事发星球支援，却发现舰队的攻击往往扑空，那些神秘生物凭借诡异的身法躲开炮火，还能趁虚而入，破坏战舰的关键系统。
与此同时，星际联邦的情报系统陷入混乱。大量虚假信息在网络中流传，误导着各星球的防御部署。艾丽意识到，这是一场有组织、有预谋的攻击，背后定有一股强大的操控力量。
经过艰难侦查，他们发现幕后黑手竟是隐藏在暗物质中的“幽影族”。这个种族掌握着高超的暗物质操控技术与信息干扰能力，一直蛰伏于宇宙深处，如今妄图趁着星际联邦放松警惕，一举攻占各个星球，抢夺资源。
联盟迅速进入战时状态。“星语”博士争分夺秒，试图破解“幽影族”的虚实转换之谜。他从古老种族的文献中找到线索，发现一种名为“灵耀矿石”的物质能够干扰暗物质的频率，从而让“幽影族”现形。但这种矿石仅存于“幻光星域”，那里布满致命的辐射带与引力陷阱。
一支由勇士组成的探险队毅然踏上前往“幻光星域”的征程。一路上，他们遭遇超强辐射风暴，飞船的防护系统几近崩溃；还陷入引力漩涡，险些被撕成碎片。但凭借顽强的意志与精湛的驾驶技术，他们最终抵达矿石所在地。然而，采集矿石并非易事，守护矿石的是“幻光精灵”，它们视矿石为圣物，不容他人染指。