击退星际海盗后，联盟沉浸于短暂的胜利喜悦，却也深知，宇宙的暗流从未止息。星源核心样本被严密保管在联盟总部的核心实验室，“星语”博士带领顶尖科研团队围绕它展开攻坚，试图解锁其中蕴藏的全部奥秘，为星际联邦带来科技的颠覆性飞跃。
在研究过程中，他们发现星源核心与一种神秘的“星纹能量”紧密相连。这种能量呈现有序的纹路状，流动于宇宙的暗物质间隙，如同宇宙的“神经系统”，掌控着一些未知的宇宙基本规律。博士据此推测，若能掌控星纹能量，或许能构建起全新的星际通讯网络，实现超光速、无损且即时的信息交互，让星际联邦的协同效率达到前所未有的高度。
艾丽则凭借此前积累的广泛人脉，穿梭于各个种族之间，为即将到来的科技变革做铺垫。她组织了多场跨种族科技研讨会，邀请各方精英齐聚一堂，共同探讨星纹能量应用后的星际合作新模式。期间，她敏锐捕捉到一些小型种族对资源分配不均的担忧，于是牵头成立“星际均衡发展基金”，确保在新技术推广时，每个种族都能从中受益，避免因贫富差距拉大引发星际矛盾。
“钢拳”以星源核心蕴含的能量原理为指导，对陆战队的装备进行革新。研发出的“星纹动力战甲”，能与穿戴者的生物电相呼应，自动调节防护强度与能量输出。战士们穿上它，不仅行动敏捷如猎豹，力量更是呈数倍增长，近战格斗中仿佛能与星辰之力共鸣，一拳挥出可击碎小行星。
然而，科研突破的关键时刻，意外降临。实验室突然发生剧烈爆炸，星源核心样本不翼而飞，监控系统被一种神秘病毒入侵，数据全部损毁，现场只留下一道疑似空间跃迁的能量残痕。联盟上下震惊之余，迅速展开调查。
很快，线索指向一个神秘组织——“暗影议会”。他们蛰伏于星际暗处已久，成员来自各个种族的叛离者，一直妄图推翻星际联邦，建立以他们为中心的宇宙霸权。这次盗取星源核心，便是他们精心策划的开场阴谋。
“星刃”队长率舰队紧急出动，根据残留的能量痕迹展开追踪。可每到关键节点，线索就被巧妙抹去，显然“暗影议会”早有防备，精通隐匿与反侦察之道。
与此同时，“暗影议会”开始在星际联邦各地制造混乱。他们向一些星球的生态系统投放特制病毒，导致植物枯萎、水源污染，生态灾难频发；又在繁华的星际都市散布恐惧谣言，引发民众恐慌，社会秩序濒临崩溃。