宇宙在联邦与星际能量研究联盟的守护下，度过了一段安宁时光。古老能量被合理利用，星际间商贸繁荣，不同种族友好交流，文明蓬勃发展。
联邦主星的研究院里，星语博士带领团队钻研从卡戎星系带回的暗能量与古老能量融合数据。他们察觉敌人企图制造的超级武器威力惊人，一旦成功，宇宙将陷入混沌。于是全力研发反制技术，“和谐护盾”技术应运而生，它能捕捉、抵消狂暴的混合能量。
艾丽作为外交使者，四处奔走，在商业峰会上提出“星际共荣贸易协定”，旨在优化货币兑换、降低贸易壁垒，促进资源高效流通。此倡议得到广泛响应，各星球纷纷参与细则研讨，宇宙经济迈向新高度。
钢拳则投身于强化联邦军队与联盟舰队协同作战的工作。在军演场，他指导不同种族战士操练，强调战术配合，同时科研部门为星芒机甲升级“量子幻影迷彩”与能量聚焦器，提升其在复杂战场的作战能力。
平静被打破，宇宙边缘监测站捕捉到神秘能量脉冲，特征与卡戎星系暗能量波动吻合。联邦议会紧急行动，钢拳率先锋舰队出击，艾丽召集联盟支援，星语博士加速优化“和谐护盾”。
舰队抵达信号源，只见一座巨型人造蜂巢结构体漂浮在黑暗中，蓝光闪烁，能量漩涡肆虐。紧接着，大批升级版机械生物涌出，发动混合能量攻击，舰队陷入苦战。
钢拳指挥突击队开启“量子幻影迷彩”切入敌后，寻找结构体核心弱点。途中发现机械生物受中央控制系统指挥，信号源于结构体深处，但靠近时受阻于强力能量屏障，常规攻击无效。
联盟援军及时赶到，艾丽在旗舰协调火力，各族战舰撑起联合护盾，为突击队争取时间。星语博士带着“和谐护盾”技术上阵，安装在关键战舰上，成功抵挡攻击，突击队趁机突进，锁定控制系统位置。
就在钢拳即将突破核心屏障时，结构体突然自毁。星语博士操控“和谐护盾”引开爆炸能量，舰队惊险撤离，可依然损失惨重。
经此一战，联邦与联盟得知是古老神秘组织残余作祟，他们妄图重塑宇宙秩序。为除后患，联邦议会决定主动出击，锁定敌人藏身星系，制定作战计划。
艾丽周旋于潜在盟友间，争取支持；星语博士完善装备，将“和谐护盾”小型化并研发能量追踪导弹；钢拳日夜练兵，研究敌人战术。
决战当日，联军奔赴敌人老巢星系，遭遇暗能量雷区、脉冲炮阵、隐形猎杀者等重重陷阱。凭借充分准备，战士们相互协作，用导弹清雷区，靠机甲护盾扛脉冲炮，逐步逼近核心星球。