到了五月上旬，联军在破解JN-25上取得了重大的突破，也因此得到了窥探霓虹海军计划的能力。
JN-25让联军得悉‘AF方位’将会是霓虹海军的下一个攻击目标，然而联军就偏偏破解不到‘AF方位’的位置。
由约瑟夫·罗彻福特少校领导的夏威夷情报站认为‘AF方位’是中途岛，但华盛顿海军情报处坚持认为是阿留申群岛。
然而任凭联军解码科技多么的先进，也仍然无法破解‘AF方位’的正确位置。
正当美军高层在伤脑筋的同时，罗彻福特与他的情报小组成员们翻查以前堆积如山的电文。
记忆力过人的罗彻福特从浩如烟海的电文中找到1942年初的一份日军电报，电报是要求水上飞机从马绍尔群岛起飞，飞往珍珠港，电文还提到要注意避开来自AF的空中侦察……
从地图上分析，AF只能是中途岛。
而且夏威夷情报站的分析员贾斯柏·赫尔姆斯想到了一个能够确认‘AF方位’是不是中途岛的妙计。
他要求中途岛海军基地的司令官以无线电向珍珠港发报，说中途岛上的海水淡化设备出现了问题，导致整个中途岛面临缺水的危机。
结果罗彻福特和他的小组成员们截获并破译了霓虹海军联合舰队司令长官山本大将从海上发往霓虹大本营海军部的一份密电：“据报‘AF’缺乏淡水，攻击部队带足淡水。”这样‘AF方位’便证实为中途岛，也就是霓虹海军的下一个攻击目标。
由于要从JN-25得到情报非常费时，丑国太平洋舰队司令海军上将切斯特·尼米兹到了最后一刻才掌握了能够用来埋伏霓虹舰队的可靠情报。
他立即召回了在太平洋西南方的航空母舰企业号、大黄蜂号以及因为参与珊瑚海海战而正在珍珠港进行重大维修的约克城号。
任命雷蒙德·斯普鲁恩斯少将代替患病的哈尔西中将指挥第16特混编队。
尼米兹就准备以三艘约克城级航空母舰为主力，再加上约五十艘支持舰艇，埋伏在中途岛东北方向，攻击前往中途岛的日本舰队。
在珊瑚海海战受重伤的约克城号返回珍珠港时，她看上去需要进行几个月的重大维修工程。
经过七十二小时不眠不休的抢修，她的飞行甲板已重新铺平，内部也装上新的钢条支撑架，舰载机组成新的舰载机队。