细胞工程在农业方面的应用主要包括改良作物品种，提高作物的抗病虫害能力、耐旱性和产量。例如，通过基因编辑技术可以改良经济作物的品种，使其产量更高、抗病性更强等；利用细胞工程技术，改良畜禽品种，使其抗病性更强、生长速度更快，且能适应更恶劣的环境。
在医学领域，细胞工程技术被广泛用于疾病的治疗和预防。例如，通过基因编辑技术，科学家们能够精确修改病人体内的细胞，治疗遗传性疾病。此外，利用干细胞技术，研究人员能够培养出各种组织和器官，为器官移植提供新的解决方案，减轻供体器官短缺的问题。
细胞工程在生物药物生产领域有着重要的应用。将承担生产生物药物的细胞进行基因改造、组织培养等技术手段，从而提高生产效率和精准度。例如目前广泛用于生产抗癌药品的奥曲肽，其制备过程就包括细胞工程技术，基因编辑可使其生成的蛋白质更高效，制品质量更高。
细胞工程技术可以用于处理环境污染，例如通过基因工程改造微生物，使其能够更有效地降解环境中的有害物质。此外，细胞工程技术还可以用于生产生物燃料，推动绿色能源的发展。
在食品领域，细胞工程技术可以用于改良食品的营养成分、口感和保质期等。例如，通过基因编辑技术改良血红蛋白，使其在肉制品中扩散得更均匀，且不会影响味道。
随着科学的发展和人们对生命科学的深入探索，细胞工程技术必将会在更多领域发挥越来越重要的作用。
细胞工程作为一门跨学科的前沿科学，涵盖了生物学、工程学、材料学等多个领域，其未来的布局和发展趋势将围绕以下几个方面展开：
通过人工手段合理地改变生物行为，将焦点放于重新连接细胞的外部输入和输出特性，无论是对于进化还是工程化，都提供了一个更为简单的概念框架，提供了一种方法来将分子尺度的部分与生理功能联系起来，保留了有效地操纵其在多细胞环境中工作方式的可能性。