经过多轮艰难的谈判，激进文明最终同意停止那些危险且自私的试验，关闭秘密研究基地，并将剩余的不稳定力量交由联盟统一管理和处置。同时，他们也表示愿意派出自己的精锐力量，加入到对抗黑暗能量的行动中，为弥补之前犯下的过错贡献一份力量。
随着激进文明的转变，对抗黑暗能量的队伍进一步壮大，形势变得越发有利起来。各个文明的科研团队抓住这个契机，争分夺秒地对之前收集到的关于黑暗能量的数据进行分析研究，结合行动队在实战中获得的经验，终于研发出了一种全新的、威力更加强大的净化矩阵。
这个净化矩阵由多个文明的顶尖科技结晶组合而成，它不仅能够释放出高强度的净化能量，还可以根据黑暗能量的变化自动调整频率和强度，形成一个全方位、持续性的净化场。
当净化矩阵被部署到黑暗能量肆虐的核心区域后，只见一道耀眼的光芒冲天而起，净化场如同一轮烈日般绽放开来，所到之处，黑暗能量被迅速分解、消散，那些被黑暗侵蚀的时空结构也开始逐渐恢复正常，扭曲的空间慢慢平复，错乱的时间流速重新稳定下来。
在净化矩阵以及全体参战人员的共同努力下，黑暗能量被一点一点地清除干净，受灾的星系和星球也逐渐重现往日的生机与活力。宇宙仿佛从一场噩梦中苏醒过来，虽然还残留着些许伤痛的痕迹，但已经朝着光明的方向大步迈进。
经此一役，各个文明更加深刻地认识到团结协作的重要性以及滥用力量的危险性。“宇宙和平联盟”在陈睿和陈萱的推动下，进一步完善了对宇宙中各类危险力量的监管机制，制定了更为严格的科技应用准则，确保类似的危机再也不会发生。