科考队沉浸在这段震撼的历史中，同时也敏锐捕捉到关键信息——灵能天命。传说中，当灵能文明历经磨难，重新寻回初心，便会有觉醒者身负灵能天命，重塑灵能秩序，开启崭新纪元。科考队意识到，当下联盟推动的灵能共融、溯源探索，或许正是走向灵能天命觉醒的关键步伐。
就在众人准备深入研究晶树记忆时，一股黑暗势力悄然逼近。原来，科考队的行动引起了黑暗反盟残党的注意，他们妄图抢夺晶树果实，获取灵能起源秘密，借此掌控宇宙灵能走向。黑暗反盟舰队隐藏在星系边缘的陨石带后，趁科考队专注研究时，发动突袭。
黑暗灵能炮火如雨点般轰向星球，科考队所在的殿堂剧烈摇晃。“星耀灵能军团”立刻组织防御，战舰升空，与敌舰展开激烈空战。可黑暗舰队数量众多，且装备了新型黑暗灵能武器，联盟战舰一时间陷入苦战。
杨博、林凡等强者则守护在殿堂内，抵御黑暗势力的地面部队。黑暗机甲战士与邪恶魔兽潮水般涌来，杨博施展出“七彩灵耀·溯源混沌击”，七彩光芒裹挟着对灵能起源的感悟，净化大片黑暗气息；林凡发动“星辰浩渺·灵界天命杀”，星辰之力与灵能天命的潜在意志共鸣，斩杀黑暗生物。
但黑暗势力攻势不减，眼看晶树果实就要被夺走，科考队成员急中生智。他们利用殿堂内的古老灵能机关，激活了一道强力的灵能守护屏障。屏障光芒万丈，暂时挡住了黑暗进攻，同时，科考队争分夺秒，拷贝下晶树果实内的关键记忆，而后摧毁果实，防止落入敌手。
联盟舰队在苦战中，逐渐摸清黑暗舰队的破绽。科研人员远程操控，调整战舰灵能共融模式，集中火力攻击黑暗舰队的能源中枢。在一轮齐射中，数艘黑暗战舰能源失控，发生爆炸，连锁反应下，黑暗舰队阵型大乱。
“星耀灵能军团”乘胜追击，彻底击溃黑暗反盟残党。经此一役，科考队带着珍贵的灵能起源资料返回联盟。这些资料在联盟内引发轰动，学者们日夜钻研，从历史中汲取智慧，进一步完善灵能共融体系，还开启了“灵能天命觉醒计划”。
联盟鼓励全体灵能者内省修行，感悟灵能的初心与使命，挖掘自身潜在的天命之力。年轻的灵能者们踊跃参与，在冥想室、灵能修炼场中，探寻与灵能本源的深层连接。随着越来越多人踏上觉醒之路，联盟内弥漫着一股蓬勃向上的精神气息，仿佛真的在一步步靠近那重塑灵能秩序的伟大天命，向着未知而充满希望的未来昂首迈进。