在艾瑞克等人成功从机械文明遗迹带回珍贵数据后，天空之城正沉浸在科技探索的新热潮之中。然而，一股神秘的能量波动突然席卷而来，整个天空之城瞬间被一层奇异的光芒笼罩。
艾瑞克与伙伴们匆忙赶到星力枢纽查看情况，发现时间的流动出现了错乱。原本有序运行的星辰轨迹变得模糊不清，一些区域的时间流速急剧加快，而另一些地方则近乎停滞。城中的建筑和设施也因时间的错乱开始出现破损与扭曲，居民们陷入了恐慌与混乱。
星卫一号经过紧急分析后告知众人，这股能量波动源于宇宙深处的一个时空裂缝，它正在不断侵蚀天空之城所在的时空维度，若不及时修复，天空之城将被彻底摧毁，人类也难以生存至 2100 年。
艾瑞克深知责任重大，他决定带领伙伴们再次踏上冒险之旅，深入时空裂缝修复受损的时间秩序。他们乘坐星耀号，在星卫一号的导航下，朝着时空裂缝的坐标进发。
当星耀号靠近时空裂缝时，周围的空间开始扭曲变形，强大的引力拉扯着飞船。艾瑞克运用星之力量稳定飞船，艰难地穿越了时空裂缝的边缘，进入到一个混乱的时间空间。
这里，过去、现在和未来的景象交织在一起。他们看到了远古时代的巨兽在星空中遨游，也目睹了未来世界中人类与外星文明的惨烈战争。艾瑞克凭借星之预见，努力在这错乱的时间洪流中寻找着修复的关键。
突然，他们发现了一座漂浮在时间旋涡中的古老钟楼。这座钟楼散发着柔和的光芒，似乎与时间的流动有着紧密联系。艾瑞克等人靠近钟楼，发现钟楼上的时钟指针疯狂旋转，周围布满了复杂的时间符文。
经过一番研究，他们意识到这座钟楼就是控制这片时空区域时间秩序的核心枢纽。但钟楼已被时间裂缝的能量侵蚀，多处受损，需要找到特殊的能量源才能修复。
在继续探索的过程中，他们遇到了一个神秘的时间守护者。守护者告知他们，只有收集散落在这个混乱时空的三颗时间水晶，并将其放置在钟楼的基座上，才能修复钟楼，进而稳定时间秩序。
于是，艾瑞克等人分成三组，分别朝着不同的方向寻找时间水晶。罗根在一片燃烧的时间沙漠中，与各种由时间沙砾组成的怪物战斗，最终在沙漠深处找到了第一颗时间水晶。这颗水晶呈现出火焰般的红色，散发着炽热的时间能量。