在颍川，黄巾军在波才的领导下，也取得了一系列胜利。他们击败了前来围剿的朱儁、皇甫嵩等将领率领的官军，并将官军围困在长社（今河南长葛东北）。然而，黄巾军毕竟缺乏正规的军事训练和作战经验，在战斗中也暴露出了一些弱点。例如，他们在取得初步胜利后，没有及时巩固战果，扩大根据地，而是分散兵力，四处出击，给了官军可乘之机。
东汉政府在最初的慌乱之后，开始组织力量进行大规模的镇压。汉灵帝任命皇甫嵩、朱儁、卢植等人为将领，率领官军围剿黄巾军。皇甫嵩是东汉末年着名的将领，他具有丰富的军事经验和卓越的军事才能。他在与黄巾军的战斗中，采取了一系列正确的战略战术。在长社之战中，皇甫嵩利用黄巾军依草结营的弱点，在夜间乘风纵火，突袭黄巾军营地，黄巾军顿时陷入混乱。朱儁、曹操等将领也率领官军趁机出击，黄巾军大败，损失惨重。
在镇压黄巾军的过程中，东汉政府还采取了一些政治手段来分化瓦解黄巾军。例如，他们宣布赦免参与起义的农民，只要他们放下武器，就可以免罪回乡。这一措施在一定程度上削弱了黄巾军的力量，使得一些意志不坚定的农民纷纷脱离黄巾军。
随着战争的持续，黄巾军内部也出现了一些问题。由于缺乏统一的领导和有效的组织协调，各地黄巾军之间的联系逐渐松散，难以形成强大的合力。而且，黄巾军在长期的战争中，物资供应逐渐短缺，士兵们的士气也受到了影响。
在官军的猛烈镇压下，黄巾军的主力逐渐被消灭。公元 184 年八月，张角因病去世，黄巾军失去了核心领袖，局势更加不利。尽管黄巾军的一些余部在张梁、张宝等将领的领导下继续坚持战斗，但最终还是无法抵挡官军的进攻。公元 185 年，皇甫嵩先后击败张梁、张宝，黄巾军的起义浪潮逐渐平息。