在科学家们的不懈努力下，终于找到了应对电磁脉冲攻击更有效的方法。艾米丽通过对战斗机器人的能量分析，发现了其电磁脉冲发射装置的能量核心频率规律，她迅速研发出一种针对性的干扰波程序，传输给联盟战舰。战舰安装此程序后，成功抵御了后续的电磁脉冲攻击，重新稳定了导航、通讯和武器系统，扭转了战局。
此时，“暗影秩序”基地内又派出了一支由精英战士驾驶的新型机甲战队。这些机甲不仅具备超强的火力，还能在短时间内进行空间瞬移，出其不意地对联盟战舰发动攻击。他们的出现，让联盟舰队再次陷入困境。
林宇紧急召集各战舰舰长和文明代表商讨对策。凯伦提出，利用格斗家们的敏捷身手和精神念力者的配合，近身破坏机甲的瞬移装置。这个提议得到了大家的认可。于是，一批格斗家和精神念力者组成的特别行动小组乘坐小型飞行器，冲向机甲战队。
行动小组在接近机甲战队时，遭遇了猛烈的火力攻击。但他们凭借着高超的驾驶技巧和灵活的躲避动作，逐渐靠近目标。艾娃运用精神念力干扰机甲战士的视线和操作，让他们的攻击出现偏差。凯伦则带领格斗家们抓住时机，迅速靠近机甲，利用光剑和特制的能量破坏器，对机甲的瞬移装置进行攻击。
经过一番激烈的近身搏斗，行动小组成功破坏了多架机甲的瞬移装置，使它们的威胁大大降低。联盟战舰趁机发动全面攻击，将剩余的机甲战队消灭殆尽。
随着战斗的推进，联盟舰队逐渐突破了“暗影秩序”基地的外层防御。但在深入基地内部时，又遇到了复杂的能量迷宫陷阱。这些陷阱由强大的能量场构成，一旦触发，会释放出致命的能量束，对进入者造成巨大伤害。
科学家们和机械师们再次合作，通过对能量场的细致分析，找到了陷阱的能量源和控制节点。汤姆制造了一些特殊的能量中和器，分发给行动队员。队员们小心翼翼地在能量迷宫中穿梭，利用能量中和器逐步化解陷阱的威胁。
在基地的最深处，他们发现了“暗影秩序”的终极武器——一座巨大的暗能量反应堆。这座反应堆是整个基地的能量核心，一旦被启动，将释放出足以毁灭整个星系的暗能量波。
林宇得知这个消息后，深知必须尽快阻止反应堆的启动。他亲自带领一支由各文明顶尖战士组成的敢死队，冲向暗能量反应堆。