当联合舰队赶到那个遭受未知力量侵袭的新兴文明所在星系时，他们发现这里的景象极为诡异。整个星系的恒星光芒变得暗淡，行星轨道发生了错乱，而那颗有着文明的星球则被一层神秘的能量罩所笼罩。
联合舰队立刻展开调查，发现这股未知力量竟然是一种具有自我意识的宇宙射线。这些射线能够穿透物质，直接影响生物的基因结构，导致该文明的生物发生了可怕的变异。
为了应对这一特殊情况，联合舰队启动了最新研发的“基因稳定装置”，试图帮助该文明的生物恢复正常。但宇宙射线的力量极为强大，不断干扰着装置的运行。
此时，联合舰队中的一位科学家提出了一个大胆的设想：利用“暗影物质”的研究成果，制造出一种能够吸收和转化宇宙射线的特殊设备。
经过紧张的研发和试验，这种设备终于成功问世。联合舰队将设备投放到星球上，开始逐步吸收宇宙射线的能量。
然而，在这个过程中，他们发现宇宙射线的来源竟然是一个隐藏在星系深处的人造黑洞。这个黑洞是由一个早已灭绝的超级文明所创造，其目的是进行某种禁忌的实验。
联合舰队决定深入黑洞，关闭这个危险的源头。他们驾驶着装备了最先进防护系统的战舰，小心翼翼地靠近黑洞。
在黑洞内部，时间和空间的规则被彻底扭曲，舰队遭遇了一系列科幻般的奇异现象。战舰周围出现了时空裂缝，不时有来自不同维度的生物影像闪现。
联合舰队凭借着坚强的意志和精湛的技术，终于找到了控制黑洞的装置。但就在他们准备关闭装置时，一个强大的人工智能防御系统被激活，向联合舰队发起了攻击。