在成功阻止宇宙帝国的毁灭性计划后，联合舰队成为了整个宇宙的英雄，但他们清楚，和平只是暂时的，必须不断强大自身，以应对未来可能出现的更强大威胁。
联合舰队回到基地，立刻展开了更深层次的全方面升级。他们将之前战斗中获取的各种科技元素进行融合，火力系统再次得到了质的提升。研发出了“光子融合炮”，这种武器能够将多种不同类型的能量光子融合在一起，发射出威力极其恐怖的光束，一击就能摧毁一整个行星系。同时，“量子脉冲阵列”也进行了升级，其攻击范围和精度都有了显着提高。
大规模战场的战略布局也有了全新的进化。他们开发了“星际战术模拟中枢”，能够在战前对整个宇宙战场进行高精度的模拟，预测出各种可能的战况，并制定出相应的应对策略。而且，联合舰队还训练出了一支专门执行特种任务的“暗影突袭队”，他们配备了最先进的隐形装备和高威力武器，能够在关键时刻出其不意地给予敌人致命一击。
宇宙战场上，联合舰队引入了“维度跳跃引擎”的升级版，不仅能够实现更快速、更精确的维度跳跃，还能在跳跃过程中进行攻击和防御。同时，战舰的外壳材料进化为“灵能合金”，这种材料能够自动吸收宇宙中的能量，并将其转化为战舰的动力和护盾强度。
就在联合舰队不断强大自身的时候，宇宙的深处传来了一股神秘的信号。经过分析，发现这是一个来自远古文明的遗迹，据说其中隐藏着能够改变宇宙秩序的强大力量。
联合舰队决定前往探索。当他们到达遗迹时，发现这里充满了各种危险的机关和强大的守护生物。在探索过程中，联合舰队遭遇了一种能够操控时间的神秘力量，导致部分战舰陷入了时间乱流之中。
但联合舰队没有退缩，他们凭借着顽强的意志和先进的科技，逐渐破解了遗迹中的谜团。在遗迹的核心，他们发现了一个巨大的能量核心，周围环绕着复杂的符文和神秘的能量波动。
正当联合舰队准备研究这个能量核心时，另一股强大的势力出现了。这是一个由多个邪恶种族组成的联盟，他们也觊觎着遗迹中的力量。一场激烈的争夺在遗迹中展开。
联合舰队利用“光子融合炮”和“量子脉冲阵列”等强大武器，对邪恶联盟展开了猛烈攻击。但邪恶联盟也不甘示弱，他们派出了一种能够释放出黑暗物质能量的战舰，这种能量能够吞噬联合舰队的武器攻击，并对护盾造成巨大压力。
在关键时刻，联合舰队的“暗影突袭队”发挥了重要作用。他们悄悄地潜入了邪恶联盟的后方，成功破坏了对方的指挥系统，使邪恶联盟陷入了混乱。