一切始于虚无：
在神奥传说中，虚无之地出现了一颗蛋，并孵化出名为阿尔宙斯的宝可梦，而后阿尔宙斯建立了宇宙，并且创造出帝牙卢卡、帕路奇亚、骑拉帝纳。帝牙卢卡与帕路奇亚拥有掌控时间与空间的能力，而骑拉帝纳则有掌控反物质的能力，它存在于毁坏的世界之中。接着，在世界诞生之初，阿尔宙斯创造了亚克诺姆、由克希和艾姆利多，分别代表共存于现代的人类和宝可梦之中的意志、知识与感情。它们存在于今天被称为立志湖、睿智湖、心齐湖等湖泊的异空间里，被称为湖之传说的宝可梦。宝可梦世界中出现了天冠山一类的地块，传说随着雷吉奇卡斯在陆地间的移动，形成了各个地区，在天冠山周围形成的是神奥地区。在这场造山运动中，神奥地区的东北部出现了严酷山，在其中的岩浆中诞生出席多蓝恩。
海陆空的决斗：
在丰缘地区，固拉多从地底的岩浆中诞生，盖欧卡在深海的海沟中出现，烈空坐则形成于臭氧层的物质中。烈空坐在臭氧层中盘旋，偶尔也会来到天空之柱休憩。固拉多和盖欧卡分别扩张着大陆与海洋。两只超古代宝可梦终于碰面，带来了为争夺在宝可梦世界之初的优势而进行的激烈战斗。烈空坐最终平息了这场战斗，并使得固拉多与盖欧卡回到各自长眠的洞窟中。为了防止两只超古代宝可梦再度醒来，朱红色宝珠与靛蓝色宝珠被制造，并保管于送神山。
日与月的开始：
同时，阿罗拉进入初始形成时期，但没有光明，天边三只传说中的宝可梦出现，索尔迦雷欧、露奈雅拉与奈克洛兹玛给阿罗拉带来了光明，随后奈克洛兹玛渐渐消失了光，进入沉睡之中，索尔迦雷欧与露奈雅拉也消失在了天边。
史前冰河世纪：
许多年之后进入了史前时代，并出现了多种存在于那个时期的宝可梦。考古学家已证实这些宝可梦分布于各个陆地，在今天形成了化石并包含着宝可梦的遗传基因。世界上更多地存在其它种类的宝可梦，除了宝可梦之外，宝可梦世界上还出现了人类。在石器时代、冰河时代和铁器时代，雷吉奇卡斯分别创造了雷吉洛克、雷吉艾斯和雷吉斯奇鲁，它们藏于丰缘地区，并作为打开在雪峰神殿雷吉奇卡斯封印的钥匙。而在伽勒尔地区，雷吉艾勒奇的力量给人们造成了灾祸，为了限制它的能力，古代的人们便在它身上安装了器具。雷吉奇卡斯还曾经试图用龙之能量的结晶制作雷吉铎拉戈，但却因结晶不够而只制出了它的头部。古代的人们害怕当有朝一日雷吉铎拉戈的整个身体都被制作出来，自己的国家会惨遭毁灭，因此便将其封印到了神殿深处。
广阔的大宇宙：