结果，吴江有个叫沈令誉的，因为跟这事儿沾了点边儿，被抓了起来，连带着还有个高僧达观，也被砍头了，牵连的人多了去了，惨得很。
最后，抓到一个叫暾生光的人，这家伙受不了酷刑，就认了。还好有侍郎李廷机、尚书赵世卿帮着辅臣沈一贯、朱赓顶着，案子才算审明白，把暾生光给处决了，老婆孩子发配边疆。可实际上，妖书真不是他写的。后来，中书舍人赵士征病得快不行了，自己说是他干的，说完就像被五马分尸一样，肉一块块往下掉，死了。
到了四十一年，群臣又一块儿上书，请福王去封地。这时候，有个叫王日乾的武人，举报说有个叫孔学的，跟郑贵妃宫里的姜内相拜把子，还请了个妖人王三诏到家里，诅咒太子。神宗一听，气得差点没晕过去，御案都掀了。
辅臣叶向高赶紧上书说：“皇上，王日乾、孔学这些人啊，就是京城里的小混混，这事儿跟当年的妖书案一模一样。但妖书是匿名的，没法查，现在告状的和被告的都在这儿，一审就明白了。”神宗一听，脸色缓和了点，也就不追究了。叶向高趁机请求赶紧让福王去封地，皇上答应了，让福王去河南。
四十三年五月，又出事了，有个男的闯进东宫，拿起棍子就把守门的一个太监给打了。大家一块儿把他给逮住了。太子亲自上书，要求送刑部审问。这家伙叫张差，御史刘廷元说：“他看起来疯疯癫癫的，又有点狡猾。”刑部的人说他是疯子。可提牢官王之采一问，这家伙说有个人叫马三道，把他带到庞、刘两个太监那儿，教他怎么干。说来说去，又扯上了郑贵妃的弟弟郑国泰。大臣何士晋上书，要求追查到底。这下子，群臣都炸开锅了，纷纷上书弹劾。
神宗一听，又火了，下旨说：“别查了，直接把张差凌迟处死，谁也别牵连！”没多久，又在宫里悄悄处死了太监庞保、刘成，这事儿就算是过去了。
而在这时，大清太祖高皇帝，也就是努尔哈赤，他在东方那是冉冉升起，势不可挡。戊午正月，人家直接宣布万历四十六年是天命元年，帝王的气数，那是已经定了，于是建立了后金政权，与明朝相抗。