就在宇宙文明于林羽的引领下蓬勃发展，宇宙联合大学成为知识汇聚与创新的灯塔之时，一股隐匿于黑暗深处的邪恶力量正悄然复苏。
在宇宙的边际，一个被称为“暗影深渊”的神秘空间内，曾经被林羽击败的邪恶势力残党，在漫长岁月中与黑暗能量深度融合，逐渐孕育出一种更为恐怖且狡黠的存在——暗影君主。它周身弥漫着幽黑的雾气，双眼闪烁着诡异的红光，拥有操控暗影、扭曲灵魂以及穿透时空屏障的能力。
暗影君主对林羽及整个宇宙文明的繁荣昌盛怀着刻骨铭心的仇恨，它精心策划了一场旨在颠覆现有宇宙秩序的阴谋。首先，它暗中在各个时空文明的角落播撒下名为“绝望之种”的黑暗能量源。这些种子悄然侵蚀着人们的心灵，激发他们内心深处的恐惧、贪婪与猜忌，使得部分文明内部矛盾丛生，原本和谐的社会秩序开始出现裂痕。
在一颗科技文明星球上，“绝望之种”致使一群科学家为了争夺一项足以改变宇宙格局的研究成果而相互背叛，引发了一场席卷全球的科技战争。星球上的城市在战火中沦为废墟，无辜百姓流离失所，珍贵的文化遗产和科技资料毁于一旦。
而在一个魔法盛行的时空，暗影力量蛊惑了一批年轻的魔法师，他们妄图借助黑暗魔法打开通往暗影深渊的大门，迎接暗影君主的降临。这些被控制的魔法师在各个魔法圣地发动突然袭击，造成了魔法能量的严重失衡，许多古老的魔法护盾和守护结界被破坏，使得邪恶力量得以长驱直入。
林羽在宇宙联合大学中敏锐地察觉到了这股黑暗气息的蔓延。他立刻组织起一支由各个时空精英组成的“光明守护者”团队，其中包括精通科学的天才少年、擅长魔法的精灵少女、拥有强大心灵力量的星界智者等。他们的任务是穿梭于各个受影响的时空文明，拔除“绝望之种”，修复被破坏的秩序，并探寻暗影君主的阴谋核心。
林羽带领着“光明守护者”首先来到了科技战争肆虐的星球。他运用强大的时空之力，暂时冻结了战争的硝烟，让守护者们有机会深入交战双方的阵营，揭示出“绝望之种”的存在及其带来的危害。在林羽的耐心劝导与智慧启迪下，科学家们终于清醒过来，他们意识到了自己被黑暗力量操控，为了共同的家园和宇宙的和平，携手合作，运用科技的力量净化了“绝望之种”所残留的黑暗能量。