经此一役，联盟上下虽沉浸在胜利的欣慰中，却也深知这只是漫长抗争路上的一个小小喘息。林羽日夜在联盟总部的战略室中徘徊，目光紧盯着星际地图，思考着如何进一步巩固防线，提升联盟的整体实力，以应对暗影帝国必然的疯狂反扑。
科学家们依据战场上收集的数据，对现有武器系统进行了更为精细的优化。他们发现，通过调整能量护盾的能量分配模式，能够在遭受敌方集中攻击时，将关键部位的防御力提升数倍，而代价仅仅是暂时降低非关键区域的防护强度。经过反复模拟与实战测试，这一技术被迅速应用到联盟的所有战舰之上，犹如为战舰披上了一层智能铠甲，能根据攻击的强弱灵活调整防御重点。
同时，在能量炮的研发上也取得了重大突破。研究团队成功开发出一种“脉冲聚焦能量发射技术”，使能量炮在发射时能够瞬间集中能量，产生更为强大的破坏力，且射击精度也大幅提高。这一新型能量炮被安装在经过改装的先锋战舰上，成为联盟反击的利刃。
然而，暗影帝国在失败后也迅速调整了战略。他们开始在各个星系的偏远区域秘密建立小型军事据点，这些据点隐藏在小行星带、星云深处等不易被探测到的地方，一方面作为情报收集站，监控联盟的一举一动；另一方面则作为游击部队的基地，对联盟的运输航线和小型前哨站进行骚扰性攻击，试图打乱联盟的资源调配和军事部署。
联盟的一支运输舰队就不幸遭遇了暗影帝国的游击部队袭击。在一条繁忙的资源运输航道上，运输舰队突然遭到来自四面八方的炮火攻击。这些游击部队驾驶着小型、灵活且装备精良的战舰，利用小行星作为掩护，不断变换位置，对运输舰队展开突袭。运输舰队的护卫战舰虽然奋力抵抗，但由于对方的攻击过于突然和分散，一时间陷入了被动局面。
关键时刻，一艘名为“星辰号”的巡洋舰舰长王猛展现出了非凡的冷静与指挥才能。他迅速判断出敌方的攻击节奏和主要火力点，果断命令舰队改变阵型，将运输舰集中保护在阵型中央，同时派出部分战舰利用舰载机对敌方进行反侦察，试图找出他们的指挥舰。
在激烈的交火中，“星辰号”凭借着其精准的炮火射击，成功击伤了一艘暗影帝国游击部队的主力战舰，打乱了他们的攻击节奏。其他联盟战舰也趁机发起反击，逐渐扭转了战局。最终，运输舰队成功击退了暗影帝国的游击部队，但也遭受了一定的损失，数艘运输舰和护卫战舰受损严重，珍贵的资源洒落于茫茫宇宙之中。
林羽得知此事后，意识到必须加强对运输航线和偏远区域的巡逻与保护。他组织了一支由精锐战舰和经验丰富的船员组成的特别巡逻队，专门负责清扫这些危险区域的暗影帝国势力，并护送重要的运输舰队。
与此同时，联盟的情报部门也在积极行动。艾丽带领着她的团队，通过对截获的暗影帝国通讯信号进行深度分析和破译，逐渐掌握了一些关于他们隐藏据点的线索。根据这些线索，联盟制定了一系列针对性的打击计划，旨在拔除这些隐藏在暗处的“毒刺”。