解决掉对付安南的问题后，明朝的军队也在南京城外完成了集结，共计三十万，对外宣称八十万大军。
军队集结完毕，接下来就是任命主帅的问题了。
朱棣第一想到的人自然是甘武，他召见甘武问其愿不愿担任三军主帅，被甘武委婉的拒绝了。
甘武如今早就功成名就，早已升无可升，赏无可赏。如果甘武再立大功，就只有封王了，可大明早就有一条不成文的规定——大明没有活着的异姓王。也就说异姓只能追封，甘武也心知功高盖主不是什么好事。
于是甘武向朱棣推荐了张辅，因为破解象兵的办法是张辅想出来的，由他出任三军主帅合情合理。
朱棣觉得张辅在军中资历和影响还不够，毕竟朝中还有那么多资历威望比他高的战将。
朱棣想了想决定由成国公朱能担任三军主帅，朱能不仅年轻，而且军中威望很高，仅次于甘武，与靖难中战死的张玉被朱棣视为左膀右臂。至于张辅嘛！朱棣决定让他先当个副将。
朱棣制定的作战方案是由朱能任征夷将军带领三十万大军从广西进攻，同时任命云南的沐晟为左副将军由云南出兵进攻，第一阶段是两军在安南的白鹤江会师，第二阶段是朝安南首府清化推进直到拿下清化。
为了获取安南百姓对大明的拥戴，朱棣让杨士奇写了一篇讨剿檄文，上面整整罗列了胡季犁父子二十条大罪。
锦衣卫百户纪纲因侦查有功，刚刚被赏赐了一个昭信将军的正六品武官散阶，赵平荣则升了试百户，同时参加了此次行动的人均得赏银五十两，阵亡的加五十两。此次二人也随军出征，负责大军的情报收集，同行的还有锦衣卫北镇抚司二十名力士。
永乐三年八月初六，朱棣在南京城外举行了隆重的誓师大会，亲自任命朱能为征夷将军，沐晟与张辅分别为左右副将军，丰城侯李彬与云阳伯陈旭为左右参将。